سار عمرو بن العاص إلى مصر في ستة آلاف فكتب محمد بن أبي بكر إلى أمير المؤمنين (عليه السلام) يستصرخه فندب الناس إلى نصرته فما اجتمع له الا ألفان بعد شهر مع مالك بن كعب فسار بهم خمس ليال فبلغهم قتل محمد وفتح مصر فرجعوا ، ولما قتل محمد بن أبي بكر وضعوه في جيفة حمار واحرقوه بالنار ، وهكذا يكون لؤم الغلبة وقدم على أمير المؤمنين عينه بالشام فأخبره بسرورهم بقتل محمد فقال اما ان حزننا عليه بقدر سرورهم به لا بل يزيد اضعافا فعند الله نحتسبه اما والله إن كان كلما علمت لممن ينتظر القضاء ويعمل للجزاء ويبغض شكل الفاجر ويحب هدي المؤمن ، وكان ذلك سنة 38 ، وكتب أمير المؤمنين إلى ابن عباس وهو على البصرة يخبره بفتح مصر وقتل محمد فاجابه ابن عباس عن كتابه ثم قدم عليه إلى الكوفة يعزيه بمحمد وكان محمد ربيب أمير المؤمنين تزوج امه أسماء بنت عميس بعد وفاة زوجها أبي بكر وكان قبل أبي بكر عند جعفر بن أبي طالب وكانت كابنها محمد من خيار شيعة أمير المؤمنين (عليه السلام) .

وقال ابن أبي الحديد في شرح قول أمير المؤمنين (عليه السلام) والله ما معاوية بأدهى مني ولكنه يغدر ويفجر الخ عند ذكر الأمور التي ينسب إليه فيها من لا يعرف حقيقته ضعف الرأي ما مثاله : ومنها تعلقهم بتولية أمير المؤمنين (عليه السلام) محمد بن أبي بكر مصر وعزله قيس بن سعد عنها حتى قتل محمد بها واستولى معاوية عليها والجواب ان يقال : إنه ليس يمكن ان يقال إن محمدا لم يك باهل لولاية مصر لأنه كان شجاعا زاهدا فاضلا صحيح العقل والرأي وممن لا يتهم ولا يرتاب بنصحه وهو ربيبه وخريجه ثم كان المصريون على غاية المحبة له والايثار لولايته ولما حاصروا عثمان وطالبوه بعزل عبد الله بن سعد بن أبي سرح عنهم اقترحوا تأمير محمد بن أبي بكر على مصر لما ظهر من ميل المصريين إليه وايثارهم له واستحقاقه لذلك بتكامل خصال الفضل فيه فكان الظن قويا باتفاق الرعية على طاعته وانقيادهم إلى نصرته واجتماعهم على محبته فكان من امره ما كان وليس ذلك بعيب على أمير المؤمنين (عليه السلام) فان الأمور انما يعتمدها الامام على حسب ما يظن فيها من المصلحة ولا يعلم الغيب الا الله وقد ولى رسول الله (صلى الله عليه واله) جعفرا وزيدا وعبد الله بن رواحة يوم مؤتة فقتلوا وهزم الجيش وعاد من عاد منهم إلى المدينة بأسوأ حال فهل لاحد ان يعيب رسول الله (صلى الله عليه واله) بذلك ويطعن في تدبيره (اه) .