قبض ابو عبد اللّه (عليه السلام) في شوّال من سنة 148 ثمان واربعين ومئة مسموماً، في عنب سمّه المنصور، وله خمس وستون سنة، وقد عيّن بعض المتتبعين يوم وفاته (عليه السلام) في الخامس والعشرين منه، وقيل يوم الاثنين لنصف من رجب .

نقل عن مشكاة الانوار انه دخل بعض اصحاب ابي عبد اللّه (عليه السلام) في مرضه الذي توفي فيه اليه وقد ذبل فلم يبق الا رأسه، فبكى فقال : لأي شيء تبكي، فقال كيف لا أبكي وانا أراك على هذه الحال ؟.

 قال : لا تفعل فان المؤمن تعرض عليه كل خير ان تقطع أعضاؤه كان خيراً له، وان ملك ما بين المشرق والمغرب كان خيراً له.

وروى الشيخ عن سالمة مولاة ابي عبد اللّه (عليه السلام)، قالت : كنت عند ابي عبد اللّه جعفر بن محمد (عليه السلام) حين حضرته الوفاة واغمي عليه، فلما افاق قال : أعطي الحسن بن علي بن علي بن الحسين (عليه السلام) وهو الافطر، سبعين ديناراً وأَعطي فلاناً كذا، وفلاناً كذا، فقلت اتعطي رجلاً حمل عليك بالشفرة يريد أن يقتلك، قال تريدين ان لا أكون من الذين قال اللّه عز وجل : {وَالَّذِينَ يَصِلُونَ مَا أَمَرَ اللَّهُ بِهِ أَنْ يُوصَلَ وَيَخْشَوْنَ رَبَّهُمْ وَيَخَافُونَ سُوءَ الْحِسَابِ } [الرعد: 21] ، نعم يا سالمة ان اللّه تعالى خلق الجنة فطيبها وطيب ريحها، وان ريحها يوجد في مسيرة ألفي عام، ولا يجد ريحها عاق ولا قاطع رحم.

 وروى الشيخ الصدوق عن ابي بصير قال دخلت على ام حميدة اعزيها بابي عبد اللّه (عليه السلام)، فبكت وبكيت لبكائها، ثم قالت يا ابا محمد لو رأيت ابا عبد اللّه (عليه السلام) عند الموت لرأيت عجباً، فتح عينيه ثم قال : اجمعوا لي كل من بيني وبينه قرابة، قالت : فلم نترك احداً الا جمعناه، قالت فنظر اليهم ثم قال : ان شفاعتنا لا تنال مستخفّاً بالصلاة .

روى القطب الراوندي عن داود بن كثير الرقّي، قال ، وفد من خراسان وافد يكنى ابا جعفر، واجتمع اليه جماعة من اهل خراسان فسألوه ان يحمل لهم اموالاً ومتاعاً ومسائلهم في الفتاوى والمشاورة، فورد الكوفة ونزل وزار امير المؤمنين (عليه السلام)، ورأى في ناحية رجلاً حوله جماعة، فلما فرغ من زيارته قصدهم فوجدهم شيعة فقهاء، يسمعون من الشيخ، فسألهم عنه، فقالوا : هو ابو حمزة الثمالي، قال : فبينا نحن جلوس اذ اقبل اعرابي، فقال جئت من المدينة وقد مات جعفر بن محمد (عليه السلام)، فشهق ابو حمزة ثم ضرب بيده الأرض ثم سأل الاعرابي هل سمعت له بوصية، قال اوصى الى ابنه عبد اللّه والى ابنه موسى (عليه السلام) والى المنصور، فقال الحمد للّه الذي لم يضلّنا، دل على الصغير وبيَّن على الكبير وستر الامر العظيم، ووثب الى قبر امير المؤمنين (عليه السلام) فصلى وصلينا، ثم اقبلت عليه وقلت له : فسِّر لي ما قلته، قال : بيَّن ان الكبير ذو عاهة، ودل على الصغير، بان ادخل يده مع الكبير، وستر الامر العظيم بالمنصور حتى اذا سأل المنصور من وصيه، قيل : انت.

قال المسعودي : ودفن (عليه السلام) بالبقيع مع ابيه وجده، وله خمس وستون سنة، وقيل انه سمَّ، وعلى قبورهم في هذا الموضع من البقيع رخامة، عليها مكتوب : بسم اللّه الرحمن الرحيم الحمد للّه مبيد الامم، ومحيي الرمم، هذا قبر فاطمة بنت رسول اللّه (صلى الله عليه واله) سيدة نساء العالمين، وقبر الحسن بن علي بن ابي طالب، وعلي بن الحسين بن علي بن ابي طالب، ومحمد بن علي، وجعفر بن محمد(عليهم صلوات الله وسلامه).

فقد رفعهم اللّه من ان يقال فيهم رحمهم اللّه واما فاطمة التي دفنت الأئمة (عليهم السلام) معها فهي فاطمة بنت اسد أم امير المؤمنين (عليه السلام)، واما فاطمة بنت رسول اللّه (صلى اللّه عليها) فالظاهر انها دفنت في بيتها كما حقق ذلك في محله.

ورُوي عن عيسى بن داب، قال لما حُمِل ابو عبد اللّه جعفر بن محمد (عليه السلام) على سريره واخرج الى البقيع ليدفن قال ابو هريرة:

اقول وقد راحوا به يحملونه       ***      على كاهل من حامليه وعاتق

اتدرون ماذا تحملون الى الثرى   ***       ثبيرا ثوى من رأس علياء شاهق

غداة حثى الحاثون فوق ضريحه  ***      تراباً وأولى كان فوق المفارق

قال شيخنا المفيد (رحمه اللّه) في المقنعة : باب فضل زيارة علي بن الحسين ومحمد بن علي وجعفر بن محمد، (عليهم السلام) : رُوي عن الصادق (عليه السلام) انه قال : من زارني غُفرت له ذنوبه ولم يمت فقير.

 وروي عن ابي محمد الحسن بن علي العسكري (عليه السلام) انه قال : من زار جعفراً وأباه، لم يشتك عينه، ولم يصبه سقم، ولم يمت مبتلى.

قال الصادق (عليه السلام) من زار اماماً من الأئمة وصلى عنده اربع ركعات، كتبت له حجة وعمرة .

وقيل للصادق (عليه السلام) ما حكم من زار احدكم، قال : يكون كمن زار رسول اللّه (صلى الله عليه واله).

 وقال الرضا (عليه السلام) ان لكل امام عهداً في اعناق شيعته وأوليائه، وان من تمام الوفاء بالعهد وحسن الاداء زيارة قبورهم، فمن زارهم رغبة في زيارتهم وتصديقاً بما رغبوا فيه، كانوا شفعاءه يوم القيامة وللّه در السيد صالح القزويني في قوله من قصيدة بائية :

وللّه افلاك البقيع فكم بها          ***    كواكب من آل النبي غوارب

حوت منهم ما ليس تحويه بقعة  ***    ونالت بهم ما لم تنله الكواكب

فبوركت ارضاً كل يوم وليلة      ***     تطوف من الاملاك فيك كتائب

وفيك الجبال الشم حلماً هوامد    ***      وفيك البحور الفعم جوداً نواضب

مناقبهم مثل النجوم كأنها         ***      مصائبهم لم يحصها الدهر حاسب

وهم للورى امّا نعيم مؤبدُ        ***        واما عذابُ في القيامة واصب