توفى الامام الصادق (عليه السلام) في شهر شوال سنة 148هـ بالعنب المسموم الذي أطعمه به المنصور، و كان عمره الشريف حين استشهاده خمسا و ستين سنة، و لم يعيّن في الكتب المعتبرة اليوم الذي توفي فيه من شهر شوال، نعم قال صاحب جنّات الخلود المتتبع الماهر : انّه توفي في اليوم الخامس و العشرين من ذلك الشهر.

و قيل انّ وفاته (عليه السلام) كانت في النصف من رجب يوم الاثنين، و نقل عن مشكاة الأنوار انّه : دخل بعض أصحاب أبي عبد اللّه (عليه السلام) في مرضه الذي توفي فيه إليه و قد ذبل، فلم يبق الّا رأسه فبكى، فقال لأيّ شي‏ء تبكي؟ فقال : لا أبكي و أنا أراك على هذه الحال؟ قال : لا تفعل فانّ المؤمن تعرض كل خير، إن قطع أعضاؤه كان خيرا له و ان ملك ما بين الشرق و الغرب كان خيرا له‏ .

و روى الشيخ الطوسي و كذلك الكليني عن سالمة مولاة أبي عبد اللّه (عليه السلام) انّها قالت : كنت عند أبي عبد اللّه (عليه السلام) حين حضرته الوفاة فأغمي عليه فلمّا أفاق قال : أعطوا الحسن بن عليّ بن الحسين و هو الأفطس سبعين دينارا و أعطوا فلانا كذا و كذا و فلانا كذا و كذا، فقلت : أ تعطي رجلا حمل عليك بالشفرة؟ فقال : ويحك أ ما تقرئين القرآن؟ قلت : بلى، قال : أ ما سمعت قول اللّه عز و جل : { وَالَّذِينَ يَصِلُونَ مَا أَمَرَ اللَّهُ بِهِ أَنْ يُوصَلَ وَيَخْشَوْنَ رَبَّهُمْ وَيَخَافُونَ سُوءَ الْحِسَابِ } [الرعد : 21].

فقال : أ تريدين على أن لا أكون من الذين قال اللّه تبارك و تعالى : { وَالَّذِينَ يَصِلُونَ مَا أَمَرَ اللَّهُ بِهِ أَنْ يُوصَلَ وَيَخْشَوْنَ رَبَّهُمْ وَيَخَافُونَ سُوءَ الْحِسَابِ } [الرعد : 21] ؛ نعم يا سالمة انّ اللّه خلق الجنة و طيّبها و طيّب ريحها، و انّ ريحها لتوجد من مسيرة ألفي عام و لا يجد ريحها عاق و لا قاطع رحم‏ .

 روى الشيخ الكليني عن الامام موسى الكاظم (عليه السلام) انّه قال : أنا كفّنت أبي في ثوبين شطويّين مصريين كان يحرم فيهما، و في قميص من قمصه، و في عمامة كانت لعليّ بن الحسين (عليه السلام) و في برد اشتراه بأربعين دينارا .

 و روى أيضا انّه لمّا قبض أبو جعفر (عليه السلام) أمر أبو عبد اللّه (عليه السلام) بالسراج في البيت الذي كان يسكنه حتى قبض أبو عبد اللّه (عليه السلام) ثم أمر أبو الحسن (عليه السلام) بمثل ذلك في بيت أبي عبد اللّه (عليه السلام) ‏ .

و روى الشيخ الصدوق عن أبي بصير انّه قال : دخلت على أمّ حميدة أعزّيها بأبي عبد اللّه (عليه السلام) فبكت و بكيت لبكائها، ثم قالت : يا أبا محمد لو رأيت أبا عبد اللّه (عليه السلام) عند الموت لرأيت عجبا فتح عينيه ثم قال : اجمعوا لي كل من بيني و بينه قرابة.

قالت : فلم نترك أحدا الّا جمعناه، قالت : فنظر إليهم ثم قال : انّ شفاعتنا لا تنال مستخفّا بالصلاة .

 و روي عن عيسى بن داب انّه قال : لما حمل أبو عبد اللّه جعفر بن محمد (عليه السلام) على سريره و اخرج إلى البقيع ليدفن قال أبو هريرة العجلي من شعراء أهل البيت المهاجرين هذه الأبيات :

أقول و قد راحوا به يحملونه‏              على كاهل من حامليه و عاتق‏

أ تدرون ما ذا تحملون إلى الثرى‏         ثبيرا  ثوى من رأس علياء شاهق‏

غداة حثا الحاثون فوق ضريحه‏           ترابا و أولى كان فوق المفارق‏

قال المسعودي : دفن الصادق (عليه السلام) بالبقيع عند أبيه و جدّه و كان عمره خمسا و ستين سنة و قيل انّه مات مسموما و عند قبورهم بالبقيع حجر مرمر مكتوب عليه : بسم اللّه الرحمن الرحيم، الحمد للّه مبيد الأمم و محيي الرمم هذا قبر فاطمة بنت رسول اللّه (صلى الله عليه واله) سيدة نساء العالمين و قبر الحسن بن عليّ بن أبي طالب و عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب و محمد بن عليّ و جعفر بن محمد رضي اللّه عنهم ؛ و أقول صلوات اللّه عليهم أجمعين.

روي عن داود الرقي انّه قال : وفد من خراسان وافد يكنّى أبا جعفر و اجتمع إليه جماعة من أهل خراسان، فسألوه أن يحمل لهم أموالا و متاعا و مسائلهم في الفتاوى و المشاورة، فورد الكوفة فنزل و زار أمير المؤمنين (عليه السلام) و رأى في ناحية رجلا حوله جماعة، فلمّا فرغ من زيارته قصدهم فوجدهم شيعة فقهاء و يسمعون من الشيخ.

فسألهم عنه، فقالوا : هو أبو حمزة الثمالي، قال : فبينما نحن جلوس إذ أقبل أعرابي، فقال : جئت من المدينة و قد مات جعفر بن محمد (عليه السلام) فشهق أبو حمزة ثم ضرب بيده الأرض، ثم سأل الاعرابي هل سمعت له بوصيّة؟ قال : أوصى إلى ابنه عبد اللّه و إلى ابنه موسى و إلى المنصور.

فقال أبو حمزة الحمد للّه الذي لم يضلّنا، دلّ على الصغير، و منّ على الكبير، و ستر الأمر العظيم، و وثب إلى قبر أمير المؤمنين (عليه السلام) فصلّى و صلّينا، ثم أقبلت عليه و قلت له : فسّر لي ما قلته؟ فقال : بيّن أنّ الكبير ذو عاهة، و دلّ على الصغير بأن أدخل يده مع الكبير، و ستر الأمر العظيم بالمنصور حتى إذا سأل المنصور من وصيّه؟ قيل : أنت‏ .

 يقول المؤلف : انّ قبر أمير المؤمنين (عليه السلام) كان مخفيّا من حين وفاته إلى زمن الامام الصادق (عليه السلام) و لم يطلع عليه أحد الّا أولاد و أبناء أهل البيت، و كان الامام زين العابدين و الامام محمد الباقر يزورانه مرارا و لم يكن معهما أحد الّا الرواحل، لكنّ الشيعة علمت بموضع قبره (عليه السلام) في زمن الصادق (عليه السلام) و ذهبت إلى زيارته و ذلك لكثرة زيارة الصادق (عليه السلام) للقبر الشريف لمّا كان بالحيرة، سيّما انّه كان يصطحب معه خواص شيعته و يريهم موضع القبر الشريف.

و كان هذا إلى ايام خلافة الرشيد فانجلى القبر آنذاك تماما فصار مزار الداني و القاصي و الحاضر و البادي، اما أبو حمزة الثمالي فقد ذهب إلى زيارة القبر الشريف مع الامام زين العابدين (عليه السلام) .

روى الشيخ الكليني و الطوسي و ابن شهرآشوب و اللفظ للكليني عن أبي أيوب النّحوي انّه قال : بعث إليّ أبو جعفر المنصور في جوف الليل فأتيته فدخلت عليه و هو جالس على كرسيّ و بين يديه شمعة و في يده كتاب، قال : فلمّا سلّمت عليه رمى بالكتاب إليّ و هو يبكي.

فقال لي : هذا كتاب محمد بن سليمان يخبرنا انّ جعفر بن محمد قد مات، فانّا للّه و انّا إليه راجعون ثلاثا و أين مثل جعفر؟

ثم قال لي : اكتب، قال : فكتبت صدر الكتاب، ثم قال : أكتب إن كان أوصى إلى رجل واحد بعينه فقدّمه و اضرب عنقه قال : فرجع إليه الجواب انّه قد أوصى إلى خمسة و أحدهم أبو جعفر المنصور و محمد بن سليمان و عبد اللّه و موسى و حميدة .

قال العلامة المجلسي (رحمه اللّه) : كان الامام (عليه السلام) يعلم بعلم الامامة انّ المنصور سيقتل وصيّه‏ فأشرك هؤلاء النفر ظاهرا فكتب اسم المنصور اوّلا لكنّ الامام موسى بن جعفر (عليه السلام) هو الذي كان مخصوصا بالوصية دونهم و كان أهل العلم .