أولاده (عليه السلام)  على ما قاله الشيخ المفيد و الطبرسي و غيرهما سبعة:1- أبو عبد اللّه جعفر بن محمد (عليه السلام) 2- عبد اللّه، و أمهما أمّ فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر 3- ابراهيم 4- عبيد اللّه، و أمهما أم حكيم، و قد توفيا في حياة أبيهما، 5- عليّ 6- زينب 7- أمّ سلمة و هم من أمّ ولد.

و قيل انّ أمّ سلمة من أمّ اخرى.

 قال الشيخ المفيد (رحمه اللّه)  : كان عبد اللّه (رضى اللّه عنه) يشار إليه بالفضل و الصلاح و روي انّه دخل على بعض بني أمية فأراد قتله، فقال له عبد اللّه (رحمه اللّه) : لا تقتلني اكن للّه عليك عونا و اتركني اكن لك على اللّه عونا، يريد بذلك انّه ممن يشفع الى اللّه، فيشفعه (فلم يقبل ذلك منه) فقال له الأموي : لست هناك و سقاه السمّ فقتله‏.

و لعبد اللّه ابن اسمه اسماعيل و قد عدّه علماء الرجال من اصحاب الامام الصادق (عليه السلام).

و جاء في شرح الكافي لملا خليل ما معناه : انّ لعبد اللّه بن الامام محمد الباقر (عليه السلام) بنتا تكنّى بأم الخير و قد نسب إليها بئر الخير بالمدينة، و قال تاج الدين بن زهرة الحسيني في كتابه غاية الاختصار في أخبار البيوتات العلويّة: و امّا عليّ بن محمد الباقر كان له بنت اسمها فاطمة، تزوجها الكاظم (عليه السلام) ، قبره ببغداد بالجعفرية ظاهر سور بغداد.

قال محب الدين بن النجار المؤرخ في تاريخه : مشهد الطاهر بالجعفرية، قال : و هي قرية من أعمال الخالص قريبة من بغداد ظهر فيها قبر قديم و عليه صخرة فيها مكتوب بسم اللّه الرحمن الرحيم، هذا ضريح الطاهر عليّ بن محمد بن عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب (عليه السلام) .

و قد انقطع باقي الصخرة فبني عليه قبة من لبن ثم عمّره بعد ذلك شيخ من الكتاب يقال له : عليّ بن نعيم، كان يتولّى كتابة ديوان الخالص، و زوّقه زخرفة و علّق فيه قناديل من الصفر و بنى حوله رحبة واسعة و صار من المشاهد المزارة.

قلت : هو الآن مجهول مضطهد خراب، به جماعة من الفقراء كاد يعفى أثره‏ .

يقول المؤلف : المشهور في زماننا انّ قبر عليّ بن محمد بن الباقر (عليه السلام) في ناحية كاشان في مشهد  و معروف ب شاهزاده سلطان على و يؤيد وجوده هناك ما في بحر الانساب من انّ عليّ بن محمد الباقر (عليه السلام) لم يعقّب سوى بنتا و دفن في ناحية كاشان بقرية يقال لها باركوسب في مشهد .

 و نقل عن الفاضل الخبير الميرزا عبد اللّه صاحب رياض العلماء انّه قال ما معناه : انّ قبر عليّ بن محمد الباقر (عليه السلام) بحوالي بلدة كاشان و مقبرته معروفة و له قبة رفيعة عظيمة و له كرامات ظاهرة، و باصفهان قرب مسجد  شاه  بقعة باسم أحمد بن عليّ بن الامام محمد الباقر (عليه السلام) و هناك صخرة مكتوب عليها بالخط الكوفي :  بسم اللّه الرحمن الرحيم، كل نفس بما كسبت رهينة، هذا قبر أحمد بن عليّ بن محمد الباقر (عليه السلام) و تجاوز عن سيئاته و ألحقه بالصالحين  و في خارج البقعة صخرة مستطيلة مكتوب عليها :  آمين رب العالمين بتاريخ سنة ثلاث و ستين و خمسمائة  و في جنب هذه البقعة قبر المرحوم العالم الفاضل الفقيه الشيخ محمد تقي المعروف بالاقا نجفي في بقعة كبيرة مع قبة عالية اسكنه اللّه في جنّة عالية.

و قال صاحب روضات الجنّات في ترجمة الامير السيد محمد تقي الكاشي الپشت مشهدي : نسبة الى پشت مشهد كاشان التي هي من جملة محلّاتها المشهورة خلف مشهدها المقدس المشهور المنسوب الى بعض أولاد محمد بن عليّ الباقر (عليه السلام) و قيل الى أحد من أبناء موسى بن جعفر الكاظم (عليه السلام) اسمه حبيب‏ .

و كانت أم سلمة زوجة لمحمد الأرقط بن عبد اللّه الباهر بن الامام زين العابدين (عليه السلام) و أمّ اسماعيل بن محمد الأرقط الخارج مع أبي السرايا، كذا في بعض المشجرات من كتب الأنساب.