نص الامام أبو جعفر (عليه السلام) على إمامة الامام الصادق (عليه السلام) مفخرة هذه الدنيا ورائد الفكر والعلم في الاسلام فعينه خليفة وإماما ومرجعا عاما للأمة من بعده وأوصى شيعته بلزوم أتباعه وطاعته.

وكان الامام أبو جعفر (عليه السلام) يشيد بولده الامام الصادق (عليه السلام) ويدلل على إمامته فقد روى أبو الصباح الكناني قال : نظر أبو جعفر إلى أبي عبد الله يمشي فقال : ترى هذا؟ هذا من الذين قال الله عز وجل : ونريد أن نمن على الذين استضعفوا في الأرض ونجعلهم أئمة ونجعلهم الوارثين .

وروى علي بن الحكم عن طاهر قال : كنت عند أبي جعفر (عليه السلام) فأقبل جعفر (عليه السلام) فقال أبو جعفر : هذا خير البرية .

عهد الامام محمد الباقر (عليه السلام) إلى ولده الامام جعفر الصادق (عليه السلام) بعدة وصايا كان من بينها ما يلي :

1 ـ إنه قال له : يا جعفر أوصيك بأصحابي خيرا فقال له الامام الصادق : جعلت فداك والله لأذعنهم والرجل منهم يكون في المصر فلا يسأل أحدا لقد أوصى (عليه السلام) ولده بأصحابه ليقوم بالانفاق عليهم والتعهد بشؤونهم ليتفرغوا للعلم وتدوين حديثه وإذاعة معارفه وآدابه بين الناس.

2 ـ أوصى (عليه السلام) ولده الصادق (عليه السلام) أن يكفنه في قميصه الذي كان يصلي فيه ليكون شاهد صدق عند الله على عظيم عبادته وطاعته له.

3 ـ إنه أوقف بعض أمواله على نوادب تندبه عشر سنين في منى ولعل السبب في ذلك يعود الى أن منى أعظم مركز للتجمع الاسلامي ووجود النوادب فيه مما تبعث المسلمين الى السؤال عن سببه فيخبرون بما جرى على الامام أبي جعفر (عليه السلام) من صنوف التنكيل من قبل الأمويين واغتيالهم له حتى لا يضيع ما جرى عليه منهم ولا تحفيه أجهزة الاعلام الأموي.

أما نص وصيته فقد رواها الامام أبو عبد الله الصادق (عليه السلام) قال (عليه السلام) : لما حضرت أبي الوفاة قال : أدع لي شهودا فدعوت له أربعة من قريش فيهم نافع مولى عبد الله بن عمر فقال : اكتب : هذا ما أوصى به يعقوب بنيه يا بني إن الله اصطفى لكم الدين فلا تموتن إلا وأنتم مسلمون وأوصى محمد بن علي إلى جعفر بن محمد وأمره أن يكفنه في برده الذي كان يصلي فيه الجمعة وأن يعممه بعمامته وأن يربع قبره ويرفعه أربع أصابع وأن يحل عنه أطماره عند دفنه.

والتفت (عليه السلام) إلى الشهود فأمرهم بالانصراف وقال الامام الصادق (عليه السلام) : يا أبة ما كان في هذا بأن تشهد عليه؟ فقال (عليه السلام) : كرهت أن تغلب وأن يقال إنه لم يوص إليه فأردت أن تكون لك الحجة .