معقدات المادة الأساس - المعدن - الإنزيم هي معقدات العناصر الثلاثية بين الموقع التحفيزي للإنزيم En والأيون المعدني M والمادة الأساس S بنسبة 1:1:1، كل الاحتمالات الأربعة للإنزيمات المحفزة بالمعادن فالإنزيمات المعدنية لا تستطيع تكوين معقدات En-S-M لأنها تحفظ المعدن من خلال عمليات التنقية حيث أن معظم وليست كل إنزيمات kinases مثل ATP-phosphotransferase ها القدرة أن تكون معقدات جسر - المادة الأساس من نوع En-nucleotide بينما إنزيمات phosphotransferase الذي تستعمل البيروفيت أو الفوسفواينول بايروفيت كمادة أساس وهي الإنزيمات التي تحفز التفاعلات الأخرى من الفوسفواينول بايروفيت و carboxylases من معقدات جسر - المعدن، بعض الإنزيمات يمكنها أن تكون نوع واحد من معقدات جسر مع واحد من المواد الأساس ومن هذه المعقدات هي:

أ. معقدات جسر - الإنزيم enzyme - bridge complexes: يثل معتقدات جسر - الإنزيم الشكل s-M-En فأن المعدن في معقدات جسر – الإنزيم له دور في عملية المحافظة على التركيب البنائي والتكوين الفعال لإنزيم glutamine synthetase أو تكوين جسر معدني مع المادة الأساس لإنزيم pyruvate kinase بالإضافة إلى الدور التركيبي للمعدن، فأن الأيون المعدني في إنزيم pyruvate kinase بأنه يحجز مادة أساس واحدة في مكان ثم ينشطها.

ب معقدات جسر - المادة الأساس substrate bridge complexes معقدات جسر - المادة الأساس هو En-S-M وهو يتضمن تكوين معقدات جسر - المادة الأساس للعناصر الثلاثية من نيوكلوسيدات ثلاثية الفوسفيت مع الإنزيم، المعدن والمادة الأساس وذلك بسبب إزاحة الماء بواسطة ATP من المجال التناسقي المعدني.

ATP-M (H₂O)⁶⁺² ↔ ATP-M (H₂O)₃ ^-2 +3H₂O ترتبط المادة الأساس لتكوين معقدات العناصر الثلاثية مع الإنزيم

ATP-M (H₂O)3 ^-2 + En↔ EN-ATP-M (H2O) ^-2 في تفاعلات phosphotransferase فأن الأيونات المعدنية تنشط ذرات الفسفور لتكوين معقد أدنين - فوسفيت متعدد ذات هيئة تركيبية مناسبة في المعقد الرباعي الفعال.

ج. معقدات جسر - المعدن أثبتت دراسات الأشعة السينية لعلم البلورات وتعاقب الببتيدات بان الحامض الأميني المستدين له علاقة بارتباط المعدن في الموقع الفعال في العديد من الإنزيمات مثل Carboxypeptidase A, ,methemoglobin cytochrome c, metmyoglobin, rubredoxin أما فيما يخص آلية تكوين المعقدات الثنائية وهي معقدات الفلز الإنزيم وخطوة تحديد السرعة يتم فيها ترحيل الماء من المجال التناسقي للأيون المعدني ففي العديد من الإنزيمات الببتيدية peptidases يكون تنشيط الإنزيمات بواسطة الأيونات المعدنية منخفض ويحتاج إلى عدة ساعات لاكتمال التفاعل فأن التفاعلات البطيئة تعيد الترتيب البنائي الشكلي للمعقدات الثنائية للمعدن - الإنزيم إلى الشكل الفعال.

ارتباط المعدن Metal binding: يحصل إعادة ترتيب للتركيب البنائي الشكلي الفعال لتكوين Enz.

كما يحصل ارتباط المادة الأساس S مع معقد المعدن - الإنزيم الثنائي لتكوين معقد جسر معدن ثلاثي في الإنزيمات المعدنية