تقسم الإنزيمات استناداً الى تخصصها لمادة الأساس إلى:

1- الإنزيمات ذات التخصص المطلق Absolute specificity

تعمل الإنزيمات في هذا النوع من التخصص على مادة أساس واحدة فقط ولا تعمل على أية مادة أخرى فإنزيم اليوريز مثلاً يعمل على مادة اليوريا فقط.

2- إنزيمات ذات تخصصات نسبية Relative specificity

في التخصص النسبي لا يكون الإنزيم متخصصاً في التأثير على مركب معين بل يكون متخصصاً فـــ رابطة كيميائية معينة، بغض النظر عن الوحدات البنائية المرتبطة لهذه الروابط الكيميائية. ومن هذه الإنزيمات :

أ- الإنزيمات ذات تخـصص بالنسبة للمتشابهات الفضائية (التخصص المجــــــسامي) Stereochemical specificity

إذا كانت المادة الأساس توجد على هيئة صورتين D وL فان أحدى الصورتين هي التي تكــون الـمـــادة الأساس بالنسبة لإنزيم معين، فعلى سبيل المثال إنزيم L أمينو أسيد أوكسيديز L-amino acid oxidase يؤثر على الحامض الأميني نوع L ولا يحفز تحويل الحامض الأميني من نوع D.

ب - الإنزيمات ذات التخصص التركيبي Structural specificity

تتخصص هذه الإنزيمات على أواصر معينة في مادة الأساس فإنزيم كاربوكــــســي ببتيديز Carboxy peptidase يؤثر على الرابطة الببتيدية المجاورة للمجموعة الكاربوكسيلية الحرة في سلسلة متعدد الببتيد والإنزيم امينو ببتيديز Amino peptidase يؤثر فقط على الرابطة الببتيدية الخارجية المجاورة للمجموعة الأمينية الحرة في سلسلة متعددة الببتيد.

جـ ۔ خصوصية التفاعل Reaction specificity

إن الإنزيم في هذه الحالة له المقدرة لاختيار احد التفاعلات من مجموعة متعددة فيها وتسمى هذه الظاهرة بخصوصية التفاعل ويقوم الإنزيم بتحفيز واحد من التفاعلات المتعددة الممكنة لتحويل المادة الأساس. فمثلاً يقوم الإنزيم أمينو أسيد أوكسيديز بأكسدة وإزالة مجموعة الأمين للحامض الأميني وتحصل للأخير عملية إزالة . مجموعة CO₂ عند وجود الإنزيم ديكاربوكسيليز Amino acid decarboxy lase والتفاعل الثالث الذي يحصل للحامض الأميني هو نقل مجموعة الأمين عند وجود إنزيم ترانس أمينيز Transaminase الذي يعمل على تبادل بين مجموعة الكيتون في حامض الكيتوني مع مجموعة أمين كما موضحة في المعادلات الآتية:

د- خصوصية المادة الأساس Substrate specificity

إن الإنزيم في هذه الخصوصية يختار مادة أساس تتفاعل معه وفي حالات كثيرة يقرر اتجاه التفاعل، وبصورة عامة فان مبدأ اختيار المادة الأساس يتعلق بقابلية ربطها بالإنزيم فبعضها (المادة الأساس) لها قابلية ربط قوية أو أقل أو لا ترتبط نهائياً مع الإنزيم وبالتالي لا يحصل التفاعل نهائياً.

إن قابلية الخصوصية للمادة الأساس تتفاوت من إنزيم لأخر فبعض الإنزيمات مثلا التابعة لمجموعة هیدرولیز Hydrolase تمتلك تخصص واسع اذ تعمل على التحلل المائي لعدد كبير من المركبات والبعض الآخر يحتاج المواد الأساس التي تحتوي مجاميع معينة مثال بيتا كالاكتوسيديز  -galactosidase الذي يحتاج الى أصرة بيتا - كالاكتوسيد لأجراء تفاعله.