توجد الأمونيا حتى في الغلاف الجوي غير الملوث، وذلك نتيجة العمليات الكيميائية والكيميائية الحيوية الطبيعية تتعدد مصادر الأمونيا الجوي، ومن أهمها: المتعضيات الميكروية، تفكك المخلفات الحيوانية، محطات معالجة مياه المجاري Sewage معالجة فحم الكوك Coke ، محطات صناعة الأمونيا، أو تسربها من أنظمة التبريد الحاوية على الأمونيا.

إن التراكيز المرتفعة من الأمونيا في الغلاف الجوي هي دلالة على حادث تسرب عرضي وليس نتيجة عمليات طبيعية. تزال الأمونيا من الغلاف الجوي نتيجة ألفتها للماء، حيث تلعب دوراً أساسياً في تعديل وإزالة النترات والكبريتات في الغلاف الجوي الملوث، فتتشكل أملاح الأمونيوم:

تعد أملاح الأمونيوم في الغلاف الجوي من المواد الأكثر تخريشاً، وتساعد على التآكل.