العلاقة بالسلطة التشريعية: إن استقلال الهيآت العليا للرقابة المالية يكفله الدستور والقانون ويتطلب هذا الاستقلال أيضاً أن تتمتع هذه الهيآت بدرجة عالية من حق المبادرة والاستقلال الذاتي حتى في حال قيامها بالعمل نيابة عن السلطة التشريعية وممارستها للرقابة المالية بناءً علي توجيه من هذه السلطة . إن العلاقة ما بين الهيأة العليا للرقابة المالية والسلطة التشريعية يجب أن ينظمها الدستور وذلك وفقاً لظروف ومتطلبات كل بلد.

العلاقة بالحكومة والإدارة التنفيذية: إن الهيأة العليا للرقابة المالية تراقب أوجه نشاط الحكومة وسلطاتها الإدارية وغيرها من الهيآت التابعة لها. ولكن هذا لا يعني أن الحكومة تابعة للهيأة العليا للرقابة المالية، فالحكومة تتحمل بوجه خاص المسؤولية الكاملة عن أعمالها وعن إهمالها في القيام بتلك الأعمال ولا يمكنها أن تتحلل من هذه المسؤولية مستندة في ذلك إلى عمليات التدقيق التي تقوم بها  الهيأة العليا للرقابة المالية أو إلى آراء بعض خبراء هذه الهيأة، ما لم تكن آراء أولئك الخبراء قد سلمت إليها على وجه قانوني أو صدرت بصورة أحكام قابلة للتنفيذ.