ذهب الشافعي إلى أن مس الفرج من نواقض الوضوء وتمسك بذلك بما روى عن ابن عمر وسعد بن أبي وقاص وأبي هريرة وعائشة وسعيد ابن المسيب وسليمان بن يسار من ان مس الفرج من نواقض الوضوء أما الامام ابو جعفر (عليه السلام) وسائر أئمة أهل البيت (عليهم السلام) فانهم لا يرون ذلك , روى زرارة عن أبي جعفر (عليه السلام) أنه قال : ليس في القبلة ولا المباشرة ولا مس الفرج وضوء ويضاف إلى ذلك ثبوت حكم الطهارة وجريان استصحابها وان نقضها يحتاج الى دليل.

كما ذهب فقهاء المذاهب الاسلامية إلى أن الجهر في صلاة الاخفات أو الاخفات في صلاة الجهر متعمدا غير مبطل للصلاة أما في فقه مذهب أهل البيت (عليهم السلام) فانه مبطل للصلاة فقد روى زرارة عن الامام أبي جعفر (عليه السلام) في رجل جهر فيما لا ينبغي الاجهار فيه أو اخفى فيا لا ينبغي الاخفاء فيه فقال (عليه السلام) : ان فعل ذلك متعمدا فقد نقض صلاته وعليه الاعادة وإن فعل ذلك ناسيا أو ساهيا أو لا يدري فلا شيء عليه وقد تمت صلاته .

كما ذهب اكثر فقهاء المسلمين الى وجوب الصلاة على النبي (صلى الله عليه واله) في التشهد وقد روى جابر الجعفي عن الامام أبي جعفر (عليه السلام) أنه قال : قال رسول الله (صلى الله عليه واله) : من صلى صلاة لم يصل فيها علي ولا على أهل بيتي لم تقبل منه .

هذه بعض المسائل الفقهية التي أدلى بها الامام أبو جعفر (عليه السلام) ومعظم أبواب الفقه اصولا وفروعا قد اخذت عنه كما ذكرنا ذلك.