يراد به تفسير آيات القرآن الكريم و إيضاح معانيها و بيان الناسخ من المنسوخ و المطلق من المقيد و العام و الخاص و غير ذلك و قد اتجه المفسرون في تفسيرهم إلى اتجاهين:

الأول: التفسير بالمأثور : و نعني به تفسير القرآن الكريم بما أثر عن النبي (صلّى اللّه عليه و آله) و الأئمة الطيبين و هذا ما سلكه معظم المفسرين الشيعة كتفسير القمي و البرهان و العسكري و غيرها و حجة الشيعة في ذلك ان أئمة أهل البيت (عليهم السّلام) هم المخصوصون بعلم القرآن و العالمون بتفسيره يقول الامام أبو جعفر الباقر (عليه السّلام) ما يستطيع أحد أن يدعي أن عنده جميع القرآن كله ظاهره و باطنه غير الأوصياء .

و يقول شيخ الطائفة الشيخ الطوسي: إن تفسير القرآن لا يجوز إلّا بالأثر الصحيح عن النبي (صلّى اللّه عليه و آله) و عن الأئمة الذين قولهم حجة كقول النبي (صلى الله عليه واله)  .

الثاني: التفسير بالرأي : و يراد به الأخذ بالاعتبارات العقلية الراجعة الى‏ الاستحسان و قد ذهب إلى ذلك المفسرون من المعتزلة و الباطنية فلم يعنوا بما أثر عن أئمة الهدى (عليهم السّلام) في تفسير القرآن الكريم و انما استندوا في تفسيره إلى ما يرونه من الاستحسانات العقلية  أما الأخذ بالظواهر فانه ليس من التفسير في شي‏ء و لا مانع منه.

و من الجدير بالذكر ان أول مدرسة للتفسير بالمأثور أقيمت في الاسلام كانت في عهد الامام امير المؤمنين (عليه السّلام) فقد كان أول مفسر للقرآن و عنه أخذ حبر الأمة عبد اللّه بن عباس و غيره من اعلام الصحابة و قام من بعده الأئمة الطاهرون فقد تناولت الكثير من محاضراتهم تفسير القرآن و أسباب نزوله و فضل قراءة آياته.