اختلف فيه على أقوال:  

الأول : إنه عند أبيه أمير المؤمنين (عليه السلام) بالنجف معه إلى جهة رأسه الشريف ذهب إليه بعض علماء الشيعة استنادا إلى أخبار وردت بذلك في الكافي والتهذيب وغيرهما من طرق الشيعة عن الأئمة (عليهم السلام) ، وفي بعضها ان الصادق (عليه السلام) قال لولده إسماعيل أنه لما حمل إلى الشام سرقه مولى لنا فدفنه بجنب أمير المؤمنين (عليه السلام) ويؤيده ورود زيارة للحسين من عند رأس أمير المؤمنين (عليه السلام) عن أئمة أهل البيت.

الثاني : إنه مدفون مع جسده الشريف  وفي البحار أنه المشهور بين علمائنا الامامية رده علي بن الحسين (عليه السلام) ، وفي الملهوف أنه أعيد فدفن بكربلاء مع جسده الشريف وكان عمل الطائفة على هذا المعنى المشار إليه (اه) .

واعتمده هو أيضا في كتاب الاقبال ، وقال ابن نما الذي عليه المعول من الأقوال أنه أعيد إلى الجسد بعد أن طيف به في البلاد ودفن معه (اه) .

وعن المرتضى في بعض مسائله أنه رد إلى بدنه بكربلاء من الشام ، وقال الشيخ الطوسي ومنه زيارة الأربعين . وقال سبط بن الجوزي في تذكرة الخواص أشهر الأقوال ان يزيد رده إلى المدينة مع السبايا ثم رد إلى الجسد بكربلاء فدفن معه قاله هشام وغيره (اه) .

الثالث : إنه مدفون بظهر الكوفة دون قبر أمير المؤمنين (عليه السلام) رواه في الكافي بسنده عن الصادق (عليه السلام) .

الرابع : إنه دفن بالمدينة المنورة عند قبر أمه فاطمة (عليها السلام) وان يزيد أرسله إلى عمرو بن سعيد بن العاص بالمدينة فدفن عند أمه الزهراء (عليه السلام) وأن مروان بن الحكم كان يومئذ بالمدينة فاخذه وتركه بين يديه وقال :

يا حبذا بردك في اليدين * ولونك الأحمر في الخدين

والله لكأني أنظر إلى أيام عثمان ؛ حكاه سبط بن الجوزي في تذكرة الخواص عن ابن سعد في الطبقات . وفي كتاب جواهر المطالب لأبي البركات شمس الدين محمد الباغندي الشافعي كما في نسخة مخطوطة في المكتبة الرضوية عند ذكر أحوال الحسين (عليه السلام) : وأما رأسه فالمشهور بين أهل التاريخ والسير أنه بعثه ابن زياد الفاسق إلى يزيد بن معاوية وبعث به يزيد إلى عمرو بن سعيد الأشدق لطيم الشيطان وهو إذ ذاك بالمدينة فنصبه ودفن عند امه بالبقيع. الخامس : إنه بدمشق قال سبط ابن الجوزي حكى ابن أبي الدنيا قال وجد رأس الحسين (عليه السلام) في خزانة يزيد بدمشق فكفنوه ودفنوه بباب الفراديس وكذا ذكر البلاذري في تاريخه قال هو بدمشق في دار الامارة وكذا ذكر الواقدي أيضا (اه) وفي جواهر المطالب ذكر ابن أبي الدنيا أن الرأس لم يزل في خزانة يزيد حتى هلك فاخذ ثم غسل وكفن ودفن داخل باب الفراديس بمدينة دمشق (اه) ويروى أن سليمان بن عبد الملك قال وجدت رأس الحسين (عليه السلام) في خزانة يزيد بن معاوية فكسوته خمسة أثواب من الديباج وصليت عليه في جماعة من أصحابي وقبرته وفي رواية أنه مكث في خزائن بني أمية حتى ولي سليمان بن عبد الملك فطلب فجئ به وهو عظم أبيض في سفط وطيبه وجعل عليه ثوبا ودفنه في مقابر المسلمين بعد ما صلى عليه فلما ولي عمر بن عبد العزيز سأل عن موضعه فنبشه وأخذه والله أعلم ما صنع به وقال بعضهم : الظاهر من دينه أنه بعث به إلى كربلاء فدفنه مع الجسد الشريف .

وفي جواهر المطالب عن الحافظ بن عساكر ان يزيد بعد ما نصبه بدمشق ثلاثة أيام وضعه بخزانة السلاح حتى كان زمن سليمان بن عبد الملك فجئ به وقد بقي عظما أبيض فكفنه وطيبه وصلى عليه ودفنه في مقابر المسلمين وروى ابن نما عن منصور بن جهور أنه دخل خزانة يزيد لما فتحت فوجد بها جونة حمراء فقال لغلامه سليم احتفظ بهذه الجونة فإنها كنز من كنوز بني أمية فلما فتحها إذا فيها رأس الحسين (عليه السلام) وهو مخضوب بالسواد فلفه في ثوب ودفنه عند باب الفراديس عند البرج الثالث مما يلي المشرق انتهى أقول : وكانه هو الموضع المعروف الآن بمسجد أو مقام أو مشهد رأس الحسين (عليه السلام) بجانب المسجد الأموي بدمشق وهو مشهد مشيد معظم.

السادس: إنه بمسجد الرقة على الفرات بالمدينة المشهورة ، حكى سبط ابن الجوزي عن عبد الله بن عمر الوراق ان يزيد لعنه الله قال لأبعثنه إلى آل أبي معيط عن رأس عثمان وكانوا بالرقة فبعثه إليهم فدفنوه في بعض دورهم ثم أدخلت تلك الدار في المسجد الجامع ، قال وهو إلى جنب سدرة هناك وعليه شبه النيل أولا يذهب شتاء ولا صيفا .

السابع: إنه بمصر نقله الخلفاء الفاطميون من باب الفراديس إلى عسقلان ثم نقلوه إلى القاهرة وله فيها مشهد عظيم يزار نقله سبط ابن الجوزي أقول : حكى غير واحد من المؤرخين ان الخليفة الفاطمي بمصر أرسل إلى عسقلان وهي بين مصر والشام فاستخرج رأسا قال إنه رأس الحسين (عليه السلام) وجئ به إلى مصر فدفن فيها في المشهد المعروف الآن وهو مشهد معظم يزار وإلى جانبه مسجد عظيم رأيته في سنة 1321 والمصريون يتوافدون إلى زيارته أفواجا رجالا ونساء ويدعون ويتضرعون عنده وأخذ الفاطميين لذلك الرأس من عسقلان ودفنه بمصر لا ريب فيه لكن الشأن في كونه رأس الحسين (عليه السلام) وهذه الوجوه الأربعة الأخيرة كلها من روايات أهل السنة وأقوالهم خاصة والله أعلم .