كان الامام (عليه السلام) يناجي الله تعالى في غلس الليل البهيم وكان مما قاله في مناجاته : أمرتني فلم آتمر وزجرتني فلم انزجر ها أنا ذا عبدك بين يديك  .

ويقول المؤرخون : إنه كان دائم الذكر لله وكان لسانه يلهج بذكر الله في أكثر أوقاته فكان يمشي ويذكر الله ويحدث القوم وما يشغله ذلك عن ذكره تعالى وكان يجمع ولده ويأمرهم بذكر الله حتى تطلع الشمس كما كان يأمرهم بقراءة القرآن ومن لا يقرأ منهم أمره بذكر الله وزهد الامام أبو جعفر (عليه السلام) في جميع مباهج الحياة وأعرض عن زينتها فلم يتخذ الرياش في داره وإنما كان يفرش في مجلسه حصيرا لقد نظر الى الحياة بعمق وتبصر فى جميع شئونها فزهد في ملاذها واتجه نحو الله تعالى بقلب منيب يقول جابر بن يزيد الجعفي : قال لي محمد ابن علي : يا جابر إني لمحزون واني لمشتغل القلب ؛ فأنبرى إليه جابر قائلا : ما حزنك وما شغل قلبك؟ فاجابه (عليه السلام) بما احزنه وزهده في هذه الحياة قائلا : يا جابر إنه من دخل قلبه صافي دين الله عز وجل شغله عما سواه يا جابر ما الدنيا؟ وما عسى أن تكون هل هي إلا مركب ركبته أو ثوب لبسته أو امرأة أصبتها .

وأثرت عنه كلمات كثيرة في الحث على الزهد والاقبال على الله والتحذير من غرور الدنيا وآثامها .