اجهز الثوار على عثمان وقد تولى قتله جماعة في طليعتهم محمد ابن ابي بكر فكان من أحقدهم عليه فقد شهر السيف في وجهه وقال له : على أي دين أنت يا نعثل؟

قال : على دين الاسلام ولست بنعثل ولكني أمير المؤمنين .

فقال له : غيرت كتاب الله.

قال : كتاب الله بيني وبينكم ؛ وأخذ بلحيته فسحبه الى الارض وهو يقول : إنا لا يقبل منا يوم القيامة أن نقول : ربنا إنا أطعنا ساداتنا وكبراءنا فأضلونا السبيل , وهجم القوم عليه فاردوه قتيلا يتخبط بدمائه وتركوه جثة هامدة لم يواروه ولم يسمحوا لأحد بمواراته وتكلم بعض خواصه مع الامام أمير المؤمنين في ذلك فتوسط في شأنه فأذنوا لهم في ذلك ولكنهم لم يسمحوا لهم بدفنه في البقيع فدفنوه في حش كوكب .

لقد امتحن المسلمون امتحانا عسيرا في امر عثمان وقد أورثهم قتله عناء أي عناء وقد تولدت في ايام حكومته وبعد مقتله أحزاب نفعية لا يهمها إلا الوصول الى الحكم لتتخذ منه وسيلة الى الثراء وأخذت تلك الاحزاب تعيث فسادا في الارض وتتآمر على مصالح المسلمين فأبادت وحدتهم وفرقت كلمتهم وخلقت في المجتمع أهم المصاعب والمشاكل حتى أصبح من المتعذر على الامام أمير المؤمنين في دور حكومته أن يصلح الاوضاع الراهنة ويعيد سيرة الرسول وسنته بين الناس واتسعت تلك المشاكل حتى بلغت الذروة فى دور الامام الحسن فرأى أن لا خطة له أفضل ولا أحسن من الاستسلام .