في العديد من التفاعلات الإنزيمية بالرغم من وجود الإنزيمات والمواد الأساس، فلابد من وجود مواد أخرى تحتاجها الإنزيمات للقيام بوظيفتها الأساسية وهي الإسراع من التفاعلات الكيمياوية، بعض تلك المواد يمكن إزالتها بالتحلل الغشائي أو بواسطة تكوين معقدات الذي تجعل الإنزيمات غير فعالة بعض العوامل المرافقة cofactors عدا المرافقات الإنزيمية الذي تأخذ جزء فعال في التفاعل هي بعض الأيونات المعدنية الموجبة أحادية أو ثنائية التكافؤ ، بعض الأحيان الأيونات السالبة تكون أساسية مثل أيونات الكلوريد لنشاط إنزيم الأميليز، العوامل المختزلة مثل السستائين والكلوتاثايون تحفز الإنزيمات الحاوية مجاميع سلفا هيدريل بينما enterokinase من الأمعاء يحفز تكوين الإنزيمات المحللة للبروتين مثل التربسين الذي يشجع النقل التحفيزي للأنزيمات الأولية pre-enzyme مثل trypsinogen إلى trypsin، تلك المواد الإضافية تحتاجها الإنزيمات لتحفيزها من خلال ارتباطها مع بعض المجاميع في الإنزيم أو تنشيط المادة الأساس فأن تنشيط trypsinogen إلى trypsin بواسطة enterokinase أو تحفيز ذاتي بواسطة التربسين نفسه، تتضمن تحلل مائي لآصرة lysyl-isoleucyl مع تحرير ببتيد سداسي وتحرير تربسين الذي يملك طرف نيتروجيني isoleucyl-valyl - glycyl، نفس التغيرات تحدث عند نقل chymotrypsinogen إلى chymotrypsin بوجود التربسين مع تحلل مائي لآصرة arginyl-isoleucy مع تحرير اصرة ببتيدية ثمانية ويحدث التنشيط لتكوين أو توفير موقع فعال الذي يسهل عمل الإنزيم بعض الأيونات المعدنية ذات سمية عالية تجاه الانزياح إلا أن بعضها ذات شحنه موجبة سواء كانت أحادية أو ثنائية التكافؤ فهي أساسية لنشاط بعض الإنزيمات، التفاعلات الإنزيمية المتضمنة الفسفرة تحتاج إلى أيون المغنيسيوم وممكن أن يستبدل بواسطة أيون المنغنيز، بعض الإنزيمات الذي تفضل الببتيدات تحتاج ايونات الكوبالت والمنغنيز والزنك والمغنيسيوم ويتوقف نشاط بعض الإنزيمات بواسطة أيونات الكوبالت والنيكل والنحاسيك والزنك.