يمكن تصنيف الأحماض الامينية اعتمادا على مجموعة R الجانبية إلى:

1 - أحماض امينية اليفاتيةAliphatic amino acids

2 - أحماض امينية حامضية Acidic amino acids

3 - أحماض امينية قاعدية Basic amino acids

  -4 أحماض امينية كبريتيدية Sulfaric amino acids

-5 أحماض امينية واميداتهاacids - base amino acids

 -6أحماض امينية أروماتية Aromatic amino acids

1 - أحماض امينية اليفاتيةAliphatic amino acids

وتشمل:

threonine,, serine Isoleucine leueine, valine, Glycine ,ALanine بصورة عامة تكتب مختصرات الأحماض الامينية وهي عبارة عن الأحرف الثلاثة الأولى علما بأنه يمكن كتابة المخنصر بحرف واحد فقط.

2 - أحماض امينية حامضية Acidic amino acids

3 - أحماض امينية حامضية واميداتها (حامضية قاعدية)

4 - أحماض امينية قاعدية.

5 - أحماض امينية كبريتيدية

يسمى أيضا dicystein

ملاحظة: لا يعد (cys-cys) ضمن الأحماض الامينية العشرين

6 - أحماض امينية أروماتية

وكذلك توجد ضمن الأحماض الامينية الأروماتية أحماض الـ Imino حيث أنها تحتوي على مجموعة أمين ثانوي بدلا من مجموعة الأمين الأولى التي توجد في جميع الأحماض الامينية سابقة الذكر ومن أحماض الـ Imino هما الحامضان:

ولا يعد Hyp ضمن الأحماض الامينية البروتينية العشرين سابقة الذكر