بعض المشاكل الي تواجه كفاءة وكفاية الإنتاج من مياه الشرب في بعض الدول النامية:

1- بعد مصدر المياه ا لدائم عن حدود الدولة وبالتالي بعد المصدر عن المحطة المراد تصميمها وان كان متطلبات تصميم محطات التصفية إن تكون المحطة مصممة على حافة المصدر بصورة مباشرة.

2- التلوث الكيميائي والفيزيائي والبيولوجي من أهم المشاكل التي تواجه عمليات تصفية المياه وتنقيتها وذلك لوجودها بكميات كبيرة تفوق الإمكانيات المحدودة.

3- قلة الخبرة وعدم تدريب الأيدي العاملة من أهم لمشاكل لتي تواجه نقاوة المياه وذلك لعدم الشعور بأهمية المياه النقية وخطورة تلوثها و أيضا لها إلى المستهلك مما تسبب ضرر بالشبكة وضرر بصحة الإنسان.

4- ضعف الدعم المالي وقلته بسبب الاعتماد على الأجهزة القديمة والمعدات البسيطة فضلا عن الاستهلاك التام لأحواض التصفية وتقادم الآلات فهناك كثير من المحطات تجاوزت العمر التصميمي ومازالت تعمل وهذا يشكل خطر كبير على صحة الإنسان لقلة نقاوة المياه وصفاءها.

5- عدم مواكبة الجديد في مجال التصاميم الحديثة واعتماد الآلات والمكائن والمعدات المتطورة والخبرات في مجال تصفية المياه في حين تتسابق دول العالم في تطوير اجهزتها لضمان الحصول على افضل مياه شرب.