قال السيد أمير علي بعد النقاش حول الفرق المذهبية والفلسفية في عصر الإمام، يقول: ولم تتخذ الآراء الدينية اتّجاهاً فلسفياً إلاّ عند الفاطميين، ذلك انّ انتشار العلم في ذلك الحين اطلق روح البحث والاستقصاء، واصبحت المناقشات الفلسفية عامّة في كلّ مجتمع من المجتمعات، والجدير بالذكر انّ زعامة تلك الحركة الفكرية انّما وجدت في تلك المدرسة التي ازدهرت في المدينة، والتي اسّسها حفيد علي بن ابي طالب المسمّى بالإمام جعفر والملقب بالصادق، وكان رجلاً بحاثة ومفكراً كبيراً جيد الإلمام بعلوم ذلك العصر، ويعتبر أوّل من اسس المدارس الفلسفية الرئيسية في الإسلام.

ولم يكن يحضر محاضراته أولئك الذين اسّسوا فيما بعد المذاهب الفقهية فحسب بل كان يحضرها الفلاسفة وطلاب الفلسفة من الانحاء القصية، وكان الإمام الحسن البصري مؤسس المدرسة الفلسفية في مدينة البصرة، وواصل بن عطاء مؤسس مذهب المعتزلة من تلاميذه، الذين نهلوا من معين علمه الفياض وقد عرف واصل والإمام العلوي بدعوتهما الى حرية ارادة الإنسان.