يمكن القول إن هناك اوجه اختلاف وتشابه بين التحقيق الإداري والقضائي فالتحقيق الإداري يهدف الى معاقبة الموظف المخالف عن المخالفات التأديبية اما التحقيق الجزائي يحقق في الافعال التي تنطوي على جريمة جزائية ولكن بالرغم مما تقدم يجب ان يكون هناك نوع من التعاون بين سلطة التحقيق الإداري وسلطة التحقيق القضائي سيما وأنهما يهدفان إلى الوصول إلى اهداف مشتركة تتمثل في اكتشاف الحقيقة وعلى الرغم من استقلال التحقيق الاداري عن الجزائي وهذا ما يستشف به من نص (م/10) من قانون انضباط موظفي الدولة رقم 14 لسنة 1991 المعدل الا انه يجوز للأدارة ان توقف اجراءات التحقيق الاداري في الحالات الغامضة وغير الواضحة والتي لا يمكن البت فيها الا من خلال التحقيق الجزائي.

هذا من جهة ومن جهة أخرى فأنه يجب على الإدارة ومن خلال التحقيق الإداري ان تحيل الموظف المخالف إلى القضاء (التحقيق القضائي) إذا وجدت إن الفعل المرتكب من قبله يشكل جريمة جزائية وفقاً لنص (م10/ثالثاً) من قانون انضباط موظفي الدولة والقطاع العام المعدل رقم 14 لسنة 1991 اما عن علاقة التحقيق الاداري بالقرار القضائي فأنه من المسلمات ان على الادارة الالتزام بكافة الاحكام الجزائية استناداً لأحكام قانون المحاكمات الجزائية المرقم 23 لسنة 1971 المعدل ويمكن ايجاز عدة شروط حتى يكون الحكم الجزائي ملزماً للجهات المدنية والادارية وهي:

1- ان يكون الحكم الجزائي صادراً عن محكمة ذات اختصاص اي ان تملك سلطة البت بالدعوى المنظورة امامها.

2- ان يكون الحكم الجزائي مكتسب الدرجة القطعية.

3- ان يكون الحكم الجزائي بالإفراج او البراءة او الإدانة له علاقة بالجانب الإداري.

4- ان يكون صدور الحكم الجزائي قبل الفصل بالموضوع في الجانب المدني او الاداري.

ويمكن تلخيص حجية الحكم الجزائي بالفرضيات التالية:

1- اذا صدر الحكم الجزائي بالإدانة فعلى الادارة الالتزام به بصفته حجة قانونية.

2- اذا صدر حكم جزائي مع وقف التنفيذ في هذه الحالة اغلب اراء الفقه الاداري تقول انه يجوز للادارة ايقاع العقوبة التأديبية حتى لو صدر قرار من المحكمة الجزائية بوقف تنفيذ الحكم الجزائي.

3- إذا صدر حكم قضائي مشمول بالعفو العام في هذه الحالة أن العفو العام يزيل الجريمة كأن لم تكن ومع ذلك يجوز للإدارة ان توقع العقوبات التأديبية على الموظف المخالف الا اذا وجد نص يخالف ذلك ومع ذلك اذا كانت العقوبة التأديبية تابعة للعقوبة الجزائية او مترتبة عليها  فأن العفو العام يمحو الجزاء التأديبي (العقوبة التأديبية) .

4- اذا صدر حكم بالبراءة فأنه يتعين على الادارة الالتزام بالحكم الجزائي.

5- اذا صدر حكم بالإفراج لعدم كفاية الادلة في هذه الحالة اختلف الفقه الاداري في مدى تقيد الادارة بهذا الحكم فالقرار الصادر في جريمة سرقة المال العام لعدم كفاية الادلة لم يستند إلى عدم صحة الواقعة وانما استند إلى عدم كفاية الادلة وبذلك فأن الشبهة لا ترفع عن الموظف المخالف علماً ان اغلب فقهاء القضاء الإداري اخذوا بحجية الحكم الجزائي في هذه الحالة.

6- الحكم الجزائي الصادر بالإفراج عن الموظف المخالف نتيجة إلى بطلان إجراءات التوقيف والإحالة إلى المحكمة لا حجية له امام الإدارة ويمكن للإدارة مساءلة الموظف تأديبياً.