وقف الإمام مع حكومة أبي بكر موقفا سلبيا اتّسم بالعزلة التامّة عن الناس وعدم الاشتراك مع الجهاز الحاكم بأي لون من ألوان الاجتماع فقد انصرف إلى تدوين الأحكام الشرعية وتفسير القرآن الكريم فقد أعرض عن القوم وأعرضوا عنه لا يراجعهم ولا يراجعونه اللهمّ إلاّ إذا حلّت في ناديهم مشكلة فقهية لا يعرفون حلّها فزعوا إليه ليجيبهم عنها ؛ ويتساءل الكثيرون : لماذا لم يقف الإمام (عليه السلام) مع أبي بكر موقفا سلبيا ويفتح معه باب الحرب ويأخذ حقّه منه بالقوّة فقد أعرض عن ذلك وخلد إلى الاعتزال وقد أدلى الإمام (عليه السلام) ببعض الأسباب التي دعته لإلقاء الستار على حقّه وهي :

1 ـ فقده للقوّة العسكرية : لم تتوفّر عند الإمام (عليه السلام) أيّة قوّة عسكرية يستطيع أن يتغلّب بها على الأحداث ويستلم مقاليد الحكم وقد صرّح بذلك في كثير من المناسبات وهذه بعضها :

أ ـ قال (عليه السلام) في خطبته الشقشقية : وطفقت أرتئي بين أن أصول بيد جذّاء أو أصبر على طخية عمياء يهرم فيها الكبير ويشيب فيها الصّغير ويكدح فيها مؤمن حتّى يلقى ربّه! فرأيت أنّ الصّبر على هاتا أحجى فصبرت وفي العين قذى وفي الحلق شجا أرى تراثي نهبا .

وقد حكى هذا المقطع من خطابه ما ألمّ به من الأسى من فقدان الناصر أيام حكومة أبي بكر فإنّه لم تكن عنده قوّة تحميه ولم يكن يأوي إلى ركن شديد لإرجاع حقّه فصبر على ما في الصبر من قذى في العين وشجى في الحلق .

ب ـ قال (عليه السلام) : فنظرت فإذا ليس لي معين إلاّ أهل بيتي فضننت بهم عن الموت وأغضيت على القذى وشربت على الشّجا وصبرت على أحر الكظم وعلى أمرّ من طعم العلقم . وحكى هذا المقطع أنّه لم يكن مع الإمام (عليه السلام) سوى أسرته الماثلة في أبنائه وأبناء أخيه ومن المؤكّد أنّه لو فتح باب الحرب مع أبي بكر لقضي على الاسرة الهاشمية بالاضافة إلى ما تواجهه الامّة من أخطار هائلة .

ج ـ وبايعت الأكثرية الساحقة أبا بكر تحت ضغط عمر وقد أراد الإمام (عليه السلام) أن يقيم عليهم الحجّة فطاف بزهراء الرسول على بيوت المهاجرين والأنصار يسألهم النجدة ومناهضة الحكم القائم فكانوا يقولون لبضعة الرسول : يا بنت رسول الله قد مضت بيعتنا لهذا الرجل فتردّ عليهم حبيبة رسول الله : أفتدعون تراث رسول الله (صلى الله عليه واله) يخرج من داره إلى غير داره؟ وراحوا يعتذرون إليها قائلين : يا بنت رسول الله لو أنّ زوجك سبق إلينا قبل أبي بكر لما عدلنا به , ويجيبهم الإمام (عليه السلام) : أفكنت أدع رسول الله في بيته لم أدفنه ثمّ أخرج أنازع النّاس سلطانه؟! وتدعم سيّدة النساء مقالة الإمام (عليه السلام) قائلة : ما صنع أبو الحسن إلاّ ما كان ينبغي له , وقد صنعوا ما الله حسيبهم عليه .

إنّ موقف الإمام (عليه السلام) مع حكومة أبي بكر متّسم بعدم الرضا إلاّ أنّه لم يستطع القيام بأيّ عمل عسكري للإطاحة بها .

2 ـ المحافظة على وحدة المسلمين : من الأحداث التي دعت الإمام إلى المسالمة مع القوم حرصه على وحدة المسلمين وقد أعلن ذلك حينما عزم القوم على البيعة لعثمان فقال (عليه السلام) : لقد علمتم أنّي أحقّ النّاس بها من غيري ؛ و والله! لأسلمنّ ما سلمت أمور المسلمين ؛ ولم يكن فيها جور إلاّ عليّ خاصّة التماسا لأجر ذلك وفضله وزهدا فيما تنافستموه من زخرفه وزبرجه .

من أجل الحفاظ على وحدة المسلمين وجمع كلمتهم سالم الإمام وأعرض عمّا يكنّه في نفسه من الألم والأسى على ضياع حقّه .