يمكن فصل المكونات الخلوية بالطرد المركزي المجنس النسيج بسبب اختلاف المكونات الخلوية في خواصها التركيبية وخلال عملية الطرد المركزي، فأن جميع الدقائق ذات حجم وكثافة معينين تصل إلى قطر أنبوبة الطرد المركزي بوقت يعتمد على مجال الطرد المركزي، فالدقائق الأكثر كثافة ستصل إلى قعر الأنبوبة ويستعمل الطرد المركزي التفاضلي differential centrifugation لفصل المكونات الخلوية الثانوية عن بعضها البعض الآخر حيث يحضر مجنس النسيج في وسط ذو كثافة منخفضة جدا حوالي 0,25 مول سكروز ويعرض للطرد المركزي على مراحل متعددة بحيث تتم زيادة المجال للطرد المركزي في كل مرحلة لاحقة ثم يتوقف الطرد المركزي في نهاية مرحلة ترسيب الكريه التي تحتوي على دقائق ذات خواص ترسيبيه متشابه ويمكن توضيح بسيط لتقسيم مجنس كبد الفأرحيث تترسب الدقائق الثقيلة أسرع من الخفيفة حيث يحصل توزيع متجانس الدقائق في المجنس فأن كل كرية pellet تكون ملوثة بالدقائق الخفيفة ويمكن التغلب على هذه المشكلة بإعادة تعليق كل كرية في وسط جديد واعادة عملية الطرد المركزي ومن الصعوبات التي تواجه الطرد المركزي هي أن جميع الدقائق المترسبة تنتشر إلى الوراء باتجاه المناطق الأقل كثافة عند استعمال مجال الطرد المركزي المنخفض والصعوبة الأخرى هي أن بعض الدقائق مثل المايتوكوندريا واللايزوسومات تظهر صفات ترسيبيه متشابه لان أحجامها تكون متقاربة من بعضها البعض الآخر بالرغم من اختلاف كثافتهما، بعض الأحيان يستخدم وسط غير متجانس في تقانات الطرد المركزي يطلق عليها الطرد المركزي متدرج الكثافة density gradient centrifugation ويمكن التغلب على المشاكل باستعمال طريقة الخطوة خطوة step-wise أو طريقة غير المستمرة discontinus حيث يوضح محلول فوق الآخر في أنبوب الطرد المركزي، فعلى سبيل المثال لو وضع المجنس أو أعيد تعليق الكريه في محلول 0,25 مول سكروز ويضع فوق محلول نقي ذو 0,5 مول سكروز ويتم تعرضة للطرد المركزي، فأن الكريه المتكونة لا تكون ملوثة بالدقائق الخفيفة لعدم وجود دقائق في قعر الأنبوبة ويمكن الحصول على افضل فصل باستعمال الطرد المركزي المتدرج الكثافة المستمر باستعمال معلم متدرج maker-gradient ويستعمل السكروز كمذاب، يستخدم الطرد المركزي ذو الكثافة المتدرجة لفصل المجاميع المختلفة للدقائق إلى مناطق على طول أنبوبة الكثافة المتدرجة بدلا من تكوين كرية في قعر الأنبوبة يستعمل دوار المنطقة centrifuge zonal rotar بدلا من أنبوبة الطرد المركزي البسيط الذي يطلق على الدوار اسم دوار اندرسون الذي هو عبارة عن قمع يحتوي على vanes and ducts بحيث يمكن إدخال المحلول السكري المسبق تدريج الكثافة فيه ثم يوضع النموذج على السطح العلوي للمحلول ذو الكثافة الأقل حيث تزداد الكثافة باتجاه الأسفل وتبدأ عملية الطرد المركزي ثم يتم سحب الوسط الذي يجمع بشكل أجزاء تكون محافظة على تدريج الكثافة الأصلية وبذلك يمكن تحرير الإنزيمات الموجودة في المكونات الخلوية الثانوية المحاطة بغشاء داخل المايتوكوندريا باستعمال الطرد المركزي، ممكن وجود الإنزيم في أحد الأجزاء بسبب ظروف التجنيس والفصل أو وجود الإنزيم في جزء مـا بـدون أن يظهر أي نشاط تحفيزي لفقد العوامل المرافقة والتغيرات في التنظيم التركيبي أو الهيئة التركيبية أثناء التحضير وبينت دراسات التقسيم الخلوي الثانوي وجود الإنزيمات الخلوية والتي تشمل إنزيمات النواة الحقيقية على إنزيمات التكرار والاستنساخ للأحماض النووية والإنزيمات التي تساهم في تجهيز الطاقة مثل إنزيمات انحلال السكر ودورة حامض الستريك وتحتوي المايتوكوندريا على إنزيمات دورة حامض الستريك وإنزيمات أكسدة الأحماض الدهنية وإنزيمات تخليق البروتين حيث يتم انتقال أيون الهيدروجين الناتج عن دورة حامض الستريك إلى السلسلة التنفسية الذي تستعمل في إنتاج ادينوسين ثلاثي الفوسفيت بالفسفرة التأكسدية كما توجد المكونات المسؤولة عن دورة حامض الستريك والفسفرة التاكسدية متحدة مع الغشاء الداخلي للميتوكوندريا ويحتوي غشاء ثايلاكويد في الكلوروبلاست النباتي على مكوناتها القدرة على استهلاك الطاقة الضوئية لتوليد ATP و NADPH ويحتوي الكلوروبلاست على الإنزيمات التي تستخدم ATP NADPH لتحويل ثاني اوكسيد الكربون إلى سكريات سداسية الديهايدية في عملية التخليق الضوئي في الظلام بالإضافة إلى إنزيمات تخليق البروتينات والأحماض النووية وتكون الشبكة الاندوبلازمية موقع تخليق الفوسفولبيدات واستطالة الأحماض الدهنية بينما تحتوي اللايزوسومات على الإنزيمات المحللة الأساسية ذو أس هيدروجيني حامضي وهذه الإنزيمات هي بروتينات كربوهيدراتية حيث يحتوي الغشاء المحيط باللايزوسومات على ATPase NADH-dehydrogenase ويحتوي سيتوبلازم الخلية على إنزيمات انحلال السكر وتخليق الأحماض الدهنية وتنشيط الأحماض الأمينية ويحتوي غشاء البلازما على ATPase الذي يعتمد نشاطه التحفيزي على أيونات الصوديوم والبوتاسيوم كما يعمل الإنزيم على نقل أيونات الصوديوم إلى خارج الخلية والتي يتم تبادها بأيونات البوتاسيوم مما يحافظ على تراكيز عالية من أيونات البوتاسيوم داخل الخلية وتراكيز عالية من أيونات الصوديوم خارج الخلية كما يرتبط البلازما مع denylate case الحلقي من ATP والذي ينشط بفعل هرمون الأدرينالين ولا تحتوي الخلايا الحقيقية على أغشية تغلف المكونات الداخلية لذلك تكون العمليات التي تساعد فيها الإنزيمات مرتبطة مع غشاء البلازما وهي عكس الخلايا البدائية التي تحتوي على أغشية متخصصة مع غشاء البلازما وهي عكس الخلايا البدائية التي تحتوي على أغشية متخصصة تغلف المكونات الداخلية للخلية، ففي الخلايا الحقيقية تكون الإنزيمات المسؤولة عن تخليق الفوسفولبيدات وإنزيمات السلسلة التنفسية مرتبطة مع غشاء البلازما