يحدد نوع وعدد وتركيب الأحماض الأمينية في السلسلة أو السلاسل الببتيدية في الإنزيمات وكيفية تتابعها وتعاقبها في السلسلة الببتيدية وهذا يمثل الهيكل الكربوني لسلسلة الببتيد وما يتصل بها من ذرات ومجموعات وتحديد موقع الأواصر ثنائية الكبريتيد في حالة وجودها حيث يحصل ارتباط الأحماض الأمينية بعضها مع البعض الآخر بواسطة روابط ببتيدية مما يؤدي ذلك إلى فقد جريئة ماء وقد يحتوي الإنزيم على سلسلة ببتيدية أحادية أو على سلاسل ببتيدية متعددة كل سلسلة لها تركيب بنائي أولى خاص بها وهي سلاسل ها بعد ثلاثي في الفراغ وقد تدور الجزيئات بحرية حول الأواصر التساهمية لتنتج عدد غير محدد من ترتيب السلاسل الببتيدية المتعددة في الفراغ مما يعطي ذلك تراكيب بنائية اكثر استقرارا، يعتبر إنزيم ribonuclease أول الإنزيمات التي تم التعرف على تعاقب الأحماض الأمينية الموجودة فيها حيث يعتبر الإنزيم من الإنزيمات ذات السلسلة الببتيدية الأحادية والذي يحتوي على 124 حامض أميني في تركيبة البنائي الأولي مع وجود أربعة روابط ثنائية الكبريتيد ، يبدأ الطرف النتروجيني بالحامض الأميني اللايسين (رقم - 1) وتنتهي السلسلة الببتيدية في الطرف الكربوكسيلي الذي ينتهي بالحامض الأميني الفالين ذي التسلسل 124 حيث توجد في السلسلة الببتيدية ثمانية أحماض أمينيه كبريتية هي السستائين مكونه أربعة روابط عرضية في الإنزيم (الشكل - 20) ويتكون التركيب البنائي الأولي لإنزيم اللايزوزيم من 129 حامض أميني يبدأ الطرف النتروجيني بالحامض الأميني اللايسين والذي سلسلته الببتيدية أحادية ينتهي طرفها الكربوكسيلي بالحامض الأميني الليوسين وملك السلسلة ثمانية أحماض أمينيه كبريتية مع أربعة أواصر كبريتيدية مما يؤدي ذلك إلى تكوين أربعة عرضية (الشكل-21).