بدأ السودان في زراعة القطن في أوائل القرن العشرين، وقد وافقت الحكومة المصرية على أن يقوم السودان بضخ كمية المياه اللازمة لزراعة 10000 فدان بمنطقة الجزيرة في عام 1904 ولزراعة 20000 فدان فى عام 1909. وفي الوقت نفسه وافقت مصر على أن يسحب السودان اى كمية من مياه النيل الأزرق في وقت الفيضان (بين 15 يوليو) أخر فبراير من العام التالي وقد ظلت مساحة الأرض المروية في السودان ثابتة عند حد العشرين ألف فدان لحوالي عشر سنوات ، عندما قرر السودان زيادة أراضى الجزيرة المروية الى 300.000 فدان مره واحده وقد أزعج هذا القرار الحكومة المصرية ، فقامت بتشكيل لجنة لدراسة هذا التوسع الزراعي على موارد مصر المائية . وقد رأس اللجنة السير مردوخ ماكدونالد الذي نشر تقريرا في عام 1920 رأى فيه أن التوسع الزراعى للسودان لن يؤثر على مصر، فاحتياجات البلدين بعد هذا التوسع يمكن تدبيرها. وقد تقررت هذه الاحتياجات بحوالي 56 مليار متر مكعب منها 34 مليار متر مكعب فى وقت الفيضان (يوليو - ديسمبر) 22 مليار متر مكعب وقت التحاريق (يناير- يونيو) . وقدر نصيب السودان من هذه الكمية بأربعة مليار متر مكعب خلال موسم الفيضان ومليارين من الأمتار المكعبة خلال موسم التحاريق. ولما كانت هذه الكميات أكبر من سعات التخزين المتاحة في ذلك الوقت، فقد اقترح ماكدونالد اقامة خزان سنار على النيل الازرق لتأمين مياه مشروع الجزيرة وخزان بجبل الأولياء على النيل الأزرق لتأمين المياه الصيفية التي تحتاجها مصر وقد اعترض الكثيرون على مشروع ماكدونالد مما دعا الحكومة المصرية الى تأجيل النظر في الموضوع كله ، فأزعج ذلك الحكومة البريطانية التي انتهزت فرصة الأزمة التي أحاطت بالعلاقات المصرية البريطانية بمناسبة مقتل السردار في عام 1924 ، وأنذرت الحكومة المصرية بأنها ستستخدم ما شاءت من مياه النهر لتزرع ما شاءت من الاراضى فى السودان إذا لم تقم الحكومة المصرية بتشكيل لجنة دولية تبت في مسألة نصيب كل من مصر والسودان من ماء النيل . وبالفعل قامت الحكومة المصرية بتشكيل لجنة برئاسة كانتر كرمرك (Canter Cremerc) المهندس الهولندى وعضوية عبد الحميد سليمان عن مصر وماكريجور عن بريطانيا بغرض دراسة واقتراح الأسس التي يجب اتخاذها لتنفيذ توسعات الزراعة في السودان دون الضرر بمصالح مصر أو النيل من حقوقها الطبيعية والتاريخية من ماء النيل. وقدمت اللجنة تقريراً اخذ أساسا لاتفاقية المياه التي عقدت في مايو عام 1929 وأصبح التقرير جزء لا يتجزءا من هذه الاتفاقية وقد قبلت اللجنة حق السودان في التوسع الزراعي على إلا يسبب ذلك تعديا على حقوق مصر التاريخية، أو بما سوف تحتاجه في توسعها الزراعي في مستقبل الأيام وحددت أنصبة البلدين في الاتفاقية تبعا لاحتياجات الاراضي التي كانت تزرع في ذلك التاريخ في كلا البلدين بمقدار 48 مليار متر مكعب لمصر في العام  4 مليار متر مكعب للسودان .