لما علمت قريش أن لرسول الله بالمدينة أنصارًا، وأن أصحابه بمكة لحقوا بهم، خافوا خروجه إلى المدينة، فاجتمعوا ليتشاوروا فيه، فاجتمع الرأي على أن يضربوه ضربة رجل واحد ليتفرق دمه في القبائل، فنزل جبريل، فأعلم النبي صلى الله عليه وآله وسلم بذلك، فأمر عليا أن ينام على فراشه متشحًا بِبُرْدِهِ ليؤدي ما عنده من الودائع إلى أربابها، وخرج وهم يرصدونه بالباب وهو يتلو «يس» إلى أن وصل إلى قوله (فَأَغْشَيْنَاهُمْ فَهُمْ لَا يُبْصِرُونَ فجعل يكررها، ووضع على رءوسهم التراب ولم يشعروا به، وتوجه إلى دار أبي بكر، فأعلمه أن الله تعالى أذن له في الهجرة، فتوجها إلى غار بجبل ثور وخرجا منه بعد ثلاثة أيام إلى المدينة يوم الاثنين خامس ربيع الأول من السنة الأولى، ومعهما عامر بن فهيرة مولى أبي بكر وعبد الله بن أريقط، وهو كافر استأجره ليدلهما على الطريق، فبعثت قريش سراقة في أثره فنجا منه رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) وقدم المدينة ظهر يوم الاثنين لاثنتي عشرة ليلة خلت من هذا الشهر، فنزل بقباء وأسس به المسجد المؤسس على التقوى، ولحقه علي بن أبي طالب، ثم خرج من قباء يوم الجمعة، فما مر على دار أحد من الأنصار إلا قالوا: هلم يا رسول الله. واعترضوا ناقته. فقال: خلوا سبيلها فإنها مأمورة. فتركوها حتى بركت في موضع المسجد، فأقام النبي صلى الله عليه وآله وسلم عند أبي أيوب الأنصاري حتى بنى مسجده ومساكنه بالموضع الذي اشتراه، وغير اسم يثرب إلى المدينة، وسمى الأوس والخزرج بالأنصار، والمسلمين من أهل مكة بالمهاجرين، واتخذ عليًّا أخًا وآخى بين المهاجرين والأنصار، ولبث بينهم يعلمهم شرائع الدين ويقتدون به في الأقوال والأفعال ويرجعون إليه في حكم كل حادثة، وبايعهم قبل سنة ثلاث من الهجرة أن لا يشركوا بالله شيئًا، ولا يسرقوا ولا يزنوا ولا يقتلوا أولادهم، وأن يتعاملوا بالمعروف ويذروا اليهود، آمنين على أموالهم وأسلم سلمان الفارسي وعبد الله بن سلام، فزاد الإسلام عزة، ولكن اليهود تحذِّبُوا مع المنافقين. وأخذت قريش تشدد على المسلمين وأغروا شعراءهم على الهجو، فرتب صلى الله عليه وآله وسلم من الخزرج حسان بن ثابت وكعب بن مالك وعبد الله بن رواحة للرد عليهم، وشرع الصوم والزكاة، وحولت الصلاة إلى الكعبة وورد الوحي بالأذان في سنة اثنتين من الهجرة، التي بعث فيها النبي عبد الله بن جحش الأسدي في ثمانية إلى نخلة. بين مكة والطائف ليتعرفوا أخبار قريش، فمر بهم عير لهم فغنموها وأسروا اثنين في آخر يوم من جمادى الآخرة، والتبس عليهم برجب فعيرهم الكفار باستحلاله، فنزلت (يَسْأَلُونَكَ عَنِ الشَّهْرِ الْحَرَامِ قِتَالٍ فِيهِ) إلى (وَالْفِتْنَةُ أَكْبَرُ مِنَ الْقَتْلِ).