قبل أن يثأر جنكيز خان لرعاياه من خوارزمشاه، قرر القضاء على كوچلك خان الذي كان قد استقر بتركستان الشرقية وأخذ ينشر أذاه بين الناس وخاصة المسلمين ثم يتجه بحملته إلى بلاد الخوارزمشاهية فارغ البال. ولتحقيق هذا الهدف أرسل جنكيز أحد قواده وهو جبه نويان على رأس جيش ضخم إلى کاشغر، وفتح جبه نویان کاشغر دون عناء ولاذ كوچلك بالفرار. وكان أول ما فعله جبه نويان هو أن سمح بحرية الأديان وألغى القيود التي كان كوچلك قد فرضها على مسلمي ختن وكاشغر بعد استيلائه عليهما. وفر كوچلك من كاشغر إلى بدخشان دون أن يبدي أية مقاومة في مواجهة المغول، وقتل على أبواب بدخشان. وأخذ أتباع جنكيز يعملون السيف في كل من يصادفونه من عشيرة النايمان. وبذلك دالت دولة النايمان في سنة 615هـ. كان للقضاء على دولة النايمان وقمع فتنة كوچلك بتلك السهولة تأثير عميق على مزاج السلطان محمد خوارزمشاه لأنه قبل هذه الواقعة بعدة سنوات كان ملك عظيم الشأن کخوارزمشاه قد تحاشى الدخول في مواجهة معه وأمر بإخلاء المدن الحدودية وتخريبها بينما تمكن أحد قواد جنكيز من استئصال شأفته بهذه السهولة. كان القضاء على كوچلك وتحرير المسلمين على يد أتباع جنكيز سبباً لامتنان مسلمي كاشغر وختن وفرحهم حتى إنهم عدو المغول رحمة مرسلة من السماء. كما كانت هذه بمثابة ضربة للسلطان محمد خوارزمشاه الذي كان يعد نفسه حامي حمى المسلمين؛ فبهذه الخطوة لم يعد بوسعه الزعم بأن المغول أعداء الإسلام حتى يهب المسلمون إلى الجهاد معه.