تدخل البنية في عديد من جوانب تصميم موقع صحيفة إلكترونية على الوب إذا تحدد كيفية وضع تصميم يظهر واضح البداية والوسط والنهاية، كما أنها تحدد كيفية إنشاء التكوينات الهرمية للصحيفة ككل ولكل صفحة على حده وهي تحدد كذلك كيفية جميع العناصر وثيقة الصلة ببعضها البعض واستخدام التداخل لتوضيح العناصر والعناصر الفرعية، وتتكون من أربعة عناصر هي: سرد القصة (Story Telling)، البروزProminence) )، التجميع (Grouping)، والتعشيشNesting) ).

وموقع الصحيفة لابد أن يكون له بداية ووسط ونهاية، والبداية تتمثل عادة في الصفحة الرئيسية أو واجهة الاستقبال والتي يجب أن تجذب انتباه القارئ وتشده أما الوسط فيحتوي على المعلومات التي يبحث عنها القارئ وأخيرا النهاية وهي عبارة عن نتيجة أو حل أو تفاعل ما مع القارئ.

وعند تطبيق مبدأ البنية في تصميم الصحيفة نجد أن أفضل استخدام لها في العناوين الرئيسية والفرعية والتعليقات الجانبية، لجعل الصفحات سهلة الفهم وذلك عن طريق جعل الموضوعات والعناصر الأكثر أهمية على صفحة اكبر واعرض من غيرها، علي أن تكون قريبة من بداية الصفحة، فإذا كان نص مكتوب مثلا نضع العناوين الرئيسية بخط اسود عريض، ووضع العناوين الفرعية والمقدمة بخط اسود عريض متوسط الحجم في حين يمكن كتابة متن النص بخط عادي صغير وكذلك يمكن التنوع في استخدام العناوين والنصوص.

وكذلك يجب تجميع العناصر التي تربط بينها علاقة منطقية تحت عنوان يصف أوجه التشابه أو تعرض باستخدام نمط واحد (اللون، الخط، وغيرها...). فتجميع العناصر المتشابهة يمكن القارئ من الوصول إلى المعلومة المطلوبة بسهولة وسرعة اعتمادا على العلاقة بينها وبين المعلومات المشابهة لها كتوحيد لون عناوين الأخبار أو الأقسام الواحدة (سياسية، اقتصادية، اجتماعية، وغيرها...).

والتداخل أو التعشيش هو المكون الأخير الذي يستخدم لتحديد بنية موقع الصحيفة وصفحاتها المختلفة، فالتعشيش هو وضع عنصر داخل آخر، مثلا وضع صورة أو لقطة فيديو داخل نص مكتوب.