النصوص الدالة على إمامته من أبيه وأجداده والتي ذكرها المحدّثون والمحقّقون من علمائنا الاعلام فهي مستفيضة نقلها الكليني ( رضي الله عنه) وغيره.

قال ابن سعد: محمّد الباقر من الطبقة الثالثة من التابعين من المدينة، كان عالماً عابداً ثقة، وروى عنه الائمّة أبو حنيفة وغيره.

قال أبو يوسف: قلت لابي حنيفة: لقيت محمّد بن علي الباقر؟ فقال: نعم وسألته يوماً فقلت له : أراد الله المعاصي؟ فقال: أفيعصى قهراً؟ قال ابو حنيفة: فما رأيت جواباً أفحم منه.

وقال عطاء: ما رأيت العلماء عند احد أصغر علماً منهم عند ابي جعفر، لقد رأيت الحكم عنده كأنّه مغلوب، ويعني الحكم بن عيينة، وكان عالماً نبيلاً جليلاً في زمانه.

وذكر المدائني: عن جابر بن عبد الله: أنّه أتى أبا جعفر محمّد بن علي الى الكتاب وهو صغير فقال له: رسول الله (صلى الله عليه وآله) يسلم عليك، فقيل لجابر: وكيف هذا؟ فقال: كنت جالساً عند رسول الله والحسين في حجره وهو يداعبه فقال : يا جابر يولد مولود اسمه عليّ إذا كان يوم القيامة نادى مناد: ليقم سيّد العابدين فيقوم ولده، ثمّ يولد له ولد، اسمه محمّد ، فإن أدركته يا جابر فاقرأه منّي السلام.

وذكر ابن الصبّاغ المالكي بعد نقل القصّة: إنّ النبيّ (صلى الله عليه وآله) قال لجابر: وإن لاقيته فاعلم أنّ بقاءك في الدنيا قليل فلم يعش جابر بعد ذلك إلاّ ثلاثة أيّام ؛ ثمّ قال: هذه منقبة من مناقبه باقية على ممر الأيّام، وفضيلة شهد له بها الخاص والعام.

وقال المفيد: لم يظهر عن احد من ولد الحسن والحسين (عليهما السلام ) في علم الدين والآثار والسنّة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب ما ظهر من أبي جعفر الباقر (عليه السلام ).

وروى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين وفقهاء المسلمين وسارت بذكر كلامه الاخبار وأنشدت في مدائحه الأشعار.

قال ابن حجر: صفا قلبه ، وزكا علمه وعمله، وطهرت نفسه، وشرف خلقه، وعمرت اوقاته بطاعة الله، وله من الرسوم في مقامات العارفين ما تكلّ عنه ألسنة الواصفين، وله كلمات كثيرة في السلوك والمعارف لا تحتملها هذه العجالة.