كنيته أبو محمد، ويكنّى بأبي الحسن أيضاً ، وبأبي القاسم ؛ ولقبه : سيّد العابدين ، وزين العابدين ، والسجّاد ، وذو الثفنات ، وإنّما لقب بذلك لأنّ مواضع السجود منه كانت كثفنة البعير من كثرة سجوده (عليه السلام).

ولد (صلوات الله عليه) بالمدينة يوم الجمعة ويقال : يوم الخميس في النصف من جمادى الآخرة، وقيل : لتسع خلون من شعبان سنة ثمان وثلاثين من الهجرة، وقيل : سنة ستّ وثلاثين  وقيل : سنة سبع وثلاثين واسم اُمّه شاه زنان ، وقيل : شهربانويه ، وكان أمير المؤمنين (عليه السلام) ولّى حريث بن جابر الحنفي جانباً من المشرق فبعث إليه ببنتي يزدجرد ابن شهريار، فنحل ابنه الحسين (عليه السلام) إحداهما فأولدها زين العابدين (عليه السلام) ، ونحل الاُخرى محمد بن أبي بكر فولدت له القاسم بن محمد ابن أبي بكر، فهما ابنا خالة.