تهاجم المشمش مسببات مرضية عديدة وتحدث أضرار بالغة في حالة عدم مكافحتها بطريقة صحيحة. ومن أهم الأمراض التي تصيب المشمش ما يلي:

1- العفن الأسمر Brown rot

2- مرض تجعد الأوراق Apricot leaf curl

3- مرض الجرب Apricot scab

4- مرض التصمغ Gummosis

5- مرض البقع البكتيري  Bacterial leaf spot

6- مرض اللفحة الكورينم Coryneum Blight

7- مرض الذبول السريع Verticillium wilt

8- مرض التسوس البكتيري Bacterial Canker

9- مرض البياض الدقيقي Powdery mildew