تشمـل المعـوقات والمشاكـل التي تواجـه تطـوير الصرف الزراعـي بالدول العربية ما يلي:

1- اتساع رقعة المساحة المروية ببعض الدول العربية حيث أن الدول العربية التي يهمها في المقام الأول تطوير الصرف الزراعي هى الدول ذات الرقعة المروية رياً سطحياً واسعاً مثل مصر والسودان والعراق وسوريا . إن هذا الاتساع الكبير في الرقعة المروية وما يصاحبها من شبكات للصرف تجعل التطوير مرتفع الكلفة ، ورغم القناعة التامة بأهمية التطوير إلا أنه يصبح في الواقع غير ممكن إلا في حدود ضعيفة للغاية .

2- اتساع المصارف بطرق الصرف تحت السطحي بالدول العربية إلا في دول محدودة مثل مصر .

3- عـدم وجــود الوسائل والآليات اللازمة لتطـوير الصرف الزراعي بأغلب الدول العربية.

4- عدم وجود البيانات الدقيقة عن الفواقد ومستوى مناسيب المياه شبه السطحية في الأراضي الزراعية المروية لتقييم الحاجة للصرف الزراعي .

5- ارتفاع تكاليف عملية الصرف الزراعي بالنسبة للمزارع العربي البسيط وخاصة في المزارع الصغيرة المنتشرة على جميع أرجاء الدول العربية .

6- تفتت جزء مقدر من الأراضي الزراعية المروية بالدول العربية لحيازات صغيرة مما يجعل عملية الصرف صعبة نسبياً .