عدَّ سماحةُ المرجع الدينيّ الأعلى آيةُ الله العظمى السيد علي الحسينيّ السيستانيّ(دام ظلّه الوارف) إعدامَ العالم الشيخ نمر باقر النمر(رحمه الله تعالى) وجمعٍ من مؤمني القطيف ظلماً وعدواناً، داعياً في الوقت نفسه لذويهم ومحبّيهم بالصبر والسلوان. جاء ذلك في رسالة تعزيةٍ بعث بها الى أهالي القطيف وهذا نصّها:
بسم الله الرحمن الرحيم
(إنّا لله وإنّا إليه راجعون)
أحبّتنا أهالي القطيف الكرام حرسهم الله تعالى
السلام عليكم ورحمة الله وبركاته..
تلقّينا ببالغ الأسى والأسف نبأ استشهاد جمع من إخواننا المؤمنين في المنطقة.. الذين أُريقت دماؤهم الزكيّة ظلماً وعدواناً ومنهم العالم المرحوم الشيخ نمر النمر(طاب ثراه).
وإنّنا إذ نُدين ونستنكر ذلك نعزّيكم ونواسيكم –ولاسيّما العوائل المفجوعة بأبنائها– في هذا المصاب الجلل، ونسأل الله العليّ القدير أن يتغمّد الشهداء الأبرار بواسع رحمته ويحشرهم مع أوليائهم الكرام محمدٍ وآله الأطهار(عليهم السلام)، ويمنّ على ذويهم بالصبر والسلوان، ولا حول ولا قوّة إلّا بالله العليّ العظيم.