من الصعوبة القول متى بدأت الزراعة العضوية ومن المعتقد أنها بدأت حتى قبل ما أطلق علية الثورة الخضراء والتي نجمت عن استخدام المواد الكيماوية في الزراعة في صورة أسمدة معدنية ومبيدات الآفات والأمراض، ويمكن القول إن الزراعة العضوية بدأت في أوروبا عندما عقد الألماني Rudolf Steiner أولي محاضراته عن الزراعة الحيوية Biodynamic في الثلاثينيات والأربعينيات من القرن الماضي في ألمانيا وفي سويسرا بمعرفة Han Muller وفي بريطانيا بمعرفة Lady EvcBulfour والسيد Albert Howard وفي اليابان بمعرفة Masanobu Fukuoka.

وعندما أصبح استخدام الكيماويات الزراعية مع الأصناف عالية الإنتاج والاستخدام المكثف للميكنة الزراعية هو الأسلوب الذي تسعى جميع المجتمعات لتطبيقه، فإن قليل من المشتغلين بالزراعة لم يقتنعوا بهذا الأسلوب وبدلا من ذلك بدأوا في تطبيق أسلوب الزراعة العضوية عن طريق عمل السماد العضوي المصنع Compost والاهتمام بالدورة الزراعية والأسمدة الخضراء.

ولما ظهرت الآثار السلبية لهذه الثورة الخضراء على صحة الإنسان وعلى البيئة المحيطة به، وأصبحت حقيقة ملموسة في السبعينيات والثمانينيات من القرن الماضي بدأ يتضح أهمية المنتجات العضوية لكل من المنتجين والمستهلكين على حد سواء، ومنذ التسعينات بدأ دعم هذه المزارع عن طريق تقديم المنح والمعونات من الحكومات والهيئات المختلفة. ونظرا لتطور الاحتياج للمنتجات العضوية في أوروبا وأمريكا الشمالية واليابان زادت المساحات المنزرعة عضويا بهذه الدول وبدأت دول عديدة أخرى في الاتجاه نحو الزراعة العضوية.