تخضع الفايروسات كغيرها من الكائنات الحية إلى حتمية التغير الوراثي والتطور لتستطيع التكيف مع البيئات الجديدة، لذا فان التغيير الذي حصل للفايروسات بعد نشوئها ربما حصل وفق إحدى المسارات الأتية:

1. التطور بالتطفير

تحصل الطفرات Mutations بسبب تغير يحصل عند تضاعف الحامض النووي مما يسبب ظهور أفراد مغايرة للإباء ثم يعقب ذلك حصول الانتخاب الطبيعي بين تلك الافراد الجديدة Natural Selection، وبذلك فان الطفرة الأصلح هي التي ستبقى وتظهر حالة التلاؤم Fitness الأفضل مع البيئة.

2. التطور بإعادة الارتباط الجيني بين سلالات فايروسيه

إعادة الارتباط الجيني Recombination هي عملية ارتباط قطع من جينوم سلالتين فايروسيتين مختلفتين تؤدي إلى إنتاج جينوم جديد من الجينومين الأبويين وهذا يحصل في الفايروسات عند حدوث الإصابة الخليطة للنبات بسلالتين لنفس النوع الفایروسي معا ويسمى الفايروس الجديد المنتج "الفايروس المُشكل" Recombinant Virus.

3. التطور بإعادة التشكيل الجينومي بين سلالات فايروسيه

إعادة التشكيل Reassortment هي نوع خاص من آلية إعادة الارتباط أعلاه والتي تحصل في الفايروسات ذات الجينوم المقسم الذي تكون كل قطعه الجينومية معبأة في جسيمة فريون واحدة كما في فايروسات Reoviruses و Bunyaviruses، فإذا ما أصيبت الخلية بوقت واحد بسلالتين لفايروس معين فان الفريونات الوليدة (الذرية) قد تحوي على مزيج من قطع جينومية هجينة اكتسبتها من الجينومين الأبويين، ويسمى الجينوم الجديد "المتشكل" Reassortant genome.

4. التطور باكتساب جينات خلوية

أدى اكتشاف التماثل بين بعض البروتينات الفايروسية والخلوية إلى هذا الاستنتاج وهو قيام الفايروسات باصطياد جينات العائل، وهذا ما حصل مع بعض الفايروسات البشرية وهي فايروسات الاستنساخ العكسي Retroviruses إلا انه لم يلاحظ ذلك لحد الأن مع الفايروسات النباتية.

أدت آليات التطوير الوراثي التي ذكرت أعلاه إلى نشوء العديد من الفايروسات الجديدة التي لم تكن موجودة سابقا وذلك نتيجة لإصابة أنواع جديدة من العوائل وهذا ما حصل مع بعض الفايروسات البشرية مثل فايروس نقص المناعة 2-HIV و 1-HV وهو غير مستبعد حصوله مع الفايروسات النباتية حيث تتوفر العديد من الأدلة على أن فايروس الذبول المبقع للطماطة (TSWV) هو أحد الفايروسات الناشئة والمتطورة حديثا خاصة وأنه أصبح أحد الفايروسات الخطرة وبائيا على العديد من المحاصيل الاقتصادية في السنوات الأخيرة.