ان من خلال قراءة وتحليل الدراسات التاريخية والجغرافية للمنطقة يتضح ان المدينة المنورة تكونت في عدة مواضع نمت حولها القرى، قرب مجاري الاودية او على الروابي، او في أطراف الحرات المحيطة بالواحة, والنواة الأولى لموضع المدينة قرية "العيون" الحالية "أضم" قديماً التي تقع شمال المدينة، والتي سكنت من قبل جماعة من العماليق، ثم تلاهم بالاستيطان مجموعة من القبائل اليهودية في العالية جنوب المدينة حيث سكنوا "قربان" والعوالي، وقبائل عربية "الأوس" في جنوب قباء، وفي الحرة الشرقية وفي الشمال الغربي "يثرب"، وقبيلة الخزرج في وسط المدينة.

ومن أبرز هذه القرى والضياع "يثرب" وزهرة وسوق بني قينقاع إلى جانب العديد من القرى الصغيرة والكبيرة في سافلة المدينة وعاليتها, ولموضع المدينة الطبيعي خصائصه الجغرافية المتعددة، فهي من حيث الشكل العام "واحة صحراوية محاطة بالجبال والجبيلات، وتتداخل فيها الحرات والجماوات، وتتخللها وتدور حولها وتنتهي إليها الوديان والمفيضات والسيول، وتنتشر في منطقتها مساحات مزروعة واخرى قابلة للزراعة، تبعاً لطبيعة التربة ووفرة المواد المائية, ومثل هذه الخصائص وغيرها تترابط مع جيولوجية الواحة التي هي جزء من جيولوجية منطقة الدرع العربي إلى جانب انها تمارس تأثيراتها في تشكيل مورفولوجية المدينة المنورة.

ومن دراسة الخريطة الجيولوجية للمنطقة يتضح لنا ان الموضع الطبيعي للمدينة المنورة يتميز بأنه منطقة معقدة التركيب جيولوجياً وهذا ما توضحه الحقائق التالية :

1- مجموعة الصخور في منطقة المدينة المنورة تعود إلى ما قبل الكمبري، وعلى مر الزمن تعرضت للتعرية المختلفة، وغطيت اجزاء منها بالرواسب التي تنتمي لأواخر الزمنين الثالث والرابع الجيولوجية.

2- في التجويف الرابعي تقع معظم المدينة المنورة الذي تحف به من جميع الجهات ما عدا القسم الشمالي تكوينات البازلت Basalt والاندسيت Anddesite والتي تعود لأواخر الزمن الثالث والرابع وتعرف محليا بالحرات.

3- تكوينات (حلبان hc – ho) الاندسايت القديمة، وتنتشر في شمال جبل أحد وغرب المدينة، وهي صخور رسوبية تشتمل على الرخام وتعود إلى ما قبل الكمبري.

4- تكوين الجصة qu ونجده يغطي المنطقة الحوضية من المدينة، ويتكون من الحصباء والرمل والطين والطفل، وهي رسوبية حاملة للمياه منتشرة على طول الاودية وفي الاحواض المغلقة التصريف.

5- تكوينات رايوليت شمر (S.R) Shammar Ryholite ويتمثل وجوده في جبلي احد وعسير، وهي عبارة عن سوائل ومقذوفات بركانية ناعمة وبريشيا وأردوز وصلصال.

6- تكوينات الغرانيت (G.M) وينتشر وجوده في منطقة الجرف وجبال الجماوات وما حولها – وجبل ام سلامة على بعد 17 كم شمال المدينة.

7- التكوينات الثلاثية والرباعية (qtb) وهي بازلت والاندسايت وتنتشر في اقصى جنوب المدينة حيث "حرة رهط" وتمتد على شكل ذراعين نحو الشمال يعرف الأول "بالحرة الغربية" والثاني بالحرة "الشرقية".

8- تكوينات الشست السرسايتي والكلورايتي (S.C) وأصله من الرواسب وصخور السوائل القاعدية، وينتشر وجوده في غرب وجنوب غرب المدينة المنورة. يضاف إلى هذه التكوينات مجموعة من الصدوع على هيئة انصاف دوائر في غرب المدينة مع وجود تمدد من السباخ الملحية ذات الرمل والصلصال التي تكون غير ملائمة للنشاط الزراعي.