تقوم المؤسسة المعنية بشكل دوري بالتأكد من التزام المصانع بتقيدها بالمواصفات القياسية حيث يجب أن تقوم هذه المصانع بمعالجة المخلفات بواسطة أجهزة معالجة خاصة قبل طرحها وتصريفها في شبكة الصرف الصحي ويتم التأكد من نوعية هذه المياه بإجراء فحوصات يومية في مختبرات محطات التنقية في كل مدينة ليصار إلى إعادة استخدامها لري الأشجار

*المخلفات الصناعية الصلبة :

1- مخلفات يعاد تدويرها مثل الورق ، الكرتون ، البلاستيك ، الحديد ، الزيوت ، والخيوط.

2- المخلفات الصلبة الناتجة عن العمليات الصناعية مثل مصانع الطلاء ،الزيوت وغيرها والتي تكون مخلفاتها عبارة عن بقايا من المعادن  الثقيلة ومادة  Bleaching Earth ، حيث يتم تجميع هذه المخلفات في براميل خاصة داخل المصانع .

3- المخلفات الصلبة الناتجة عن محطة التنقية وهي الحمئة التي يتم التخلص منها في مكب خاص.

4- نفايات صلبة يتم جمعها بواسطة حاويات خاصة ووسائل متطورة (حاويات مغلقة ومضغوطة) ومن خلال التعاقد مع شركات متخصصة لجمع ونقل النفايات .

*المخلفات الغازية :

مراقبة تلوث الهواء من حيث انبعاث الغازات والروائح وتحديد مصدرها وإعطاء الحلول المناسبة من قبل المختصين ومتابعة تنفيذها من قبل جهاز المؤسسة ولجان السلامة العامة حيث تقوم بالأعمال .

أ- مراقبة أعمال النظافة داخل المدينة الصناعية .

ب- مكافحة الحشرات والقوارض داخل حدود المدينة وكافة القرى والمدن المحيطة بالمدنية الصناعية .

ج- المشاركة في لجان السلامة العامة.

وتقوم المؤسسة بتنظيم مناوبات لمراقبة الوضع البيئي ليلا لتحديد موقع المخالفة إن وجدت ومعالجتها بالإضافة إلى مراقبة الأمور التي تتعلق بأمور السلامة العامة بشكل عام .