تغيرت مصادر تغذية النهر فبينما كانت منابعه في منتصف الزمن الثالث تصل دائرة عرض 20 شمالاً في الزمن الرابع فقد امتدت مصادر تغذيته إلى بحيرة فكتوريا والمناطق المجاورة لها.

ويختلف نهر النيل عن بقية أنهار العالم بأنه ينبع من الجنوب ويسير باتجاه الشمال ليصب في البحر المتوسط. وتبدأ منابعه من دائرة عرض 4 جنوباً حيث ينبع رافد رفوفو من الحافة الشرقية للأخدود الغربي ثم يصب في نهر كاجيرا الذي تنساب مياهه في بحيرة فكتوريا، ويعد كاجيرا الممون الرئيسي لنهر النيل بمياه دائمة عن طريق البحيرة من مخرجها الوحيد الذي يبدأ فيه نيل فكتوريا مندفعاً ليدخل منطقة مستنقعية كبيرة تتوسطها بحيرة كيوجو - كروانيا ثم يخرج منها نيل فكتوريا ويسير لمسافة قصيرة ثم يخترق سطح هضبة البحيرات إلى الأخدود الغربي مروراً بمساقط مائية كشلال مورشيسون Murchison وبعدها يدخل بحيرة ألبرت التي تتغذى كذلك من مياه هضبة البحيرات ثم يخرج من هذه البحيرة باسم نيل ألبرت فيسير حتى شمال أوغندا وبعد الحدود الأوغندية يسمى ببحر الجبل حيث تكثر السدود النباتية في مجراه ويسير حتى يلتقي ببحر الغزال الذي ينبع من منطقة تقسيم المياه بينه وبين رافد الكونغو.

ويسمى النيل الأبيض بعد التقائه في بحر الغزال حتى يصل إلى الخرطوم حيث يعانق النيل الأزرق الذي ينبع من الهضبة الحبشية، وتعد مياهه قريبة جداً لإقليم النوبة ومصر. ويبلغ تصريف النيل الأزرق ذروته في شهر أغسطس حوالي 7600م في الثانية بينما يصل إلى 881م في الثانية في موسم ة قلة الأمطار. أما تصريف النيل الأبيض عند الخرطوم فيصل إلى 1040م في الثانية في نهاية موسم الأمطار وينخفض إلى 380م في الثانية في فصل الجفاف. ويفيض النيل الأزرق صيفاً بسبب الأمطار الغزيرة الساقطة على هضبة الحبشة وبعد التقاء النيل الأبيض بالنيل الأزرق يكونا نهر النيل الذي يلتقي مع رافد عطبرة بعد 300كم، وينبع عطبرة من الحافة الشمالية الغربية لهضبة الحبشة. ويتميز نهر النيل بعد الخرطوم بضيق مجراه عبر منطقة تعتبر من أكثر مناطق العالم جفافاً حيث يفقد النهر كميات كبيرة من مياهه بسبب التبخر ثم اعترض مجراه 6 جنادل وهي بربر، جروی دلجو، حلفا، أسوان، وهي عبارة عن صخور جرانيتية صلبة مما يدفعه إلى شطر مجراه إلى عشرة مسالك تفصلها بضع كيلومترات. وبعد أسوان تقل سرعة النهر وتكون مياهه قليلة وهادئة حتى مدينة القاهرة، وبعدها يتفرع النهر إلى فرعين دمياط والرشيد اللذان يخترقان دلتاه ليصبا في مياه البحر المتوسط.