يختلف الرايبوسوم البكتيري عن الرايبوسوم في الخلايا حقيقية النواة، حيث يكون الرايبوسوم البكتيري أصغر (70S   بدلا من 80S) .هذا الاختلاف قد تم استغلاله للأغراض السريرية، وذلك لأن العديد من المضادات الحيوية الفعالة تتداخل بشكل حيوي مع البروتينات التي تعمل عليها رايبوسومات بدائية النواة فقط وهكذا تثبط تخليق البروتين فيها.

تبدي عدة مضادات حيوية تأثيرها من خلال استهدافها عملية الترجمة في البكتريا. إنها تستغل الفروقات في آليات الترجمة بين الكائنات حقيقية وبدائية النواة، وذلك لكي تثبط تخليق البروتين بشكل انتقائي في البكتريا دون أن تؤثر على العائل. تتضمن الأمثلة: المضاد الحيوي streptomycin، والذي يسبب خطأ في قراءة الشفرة الوراثية في البكتريا بتراكيز واطئة نسبياً، ويثبط عملية بدء ترجمة البروتين initiation وذلك بالارتباط بوحدة الرايبوسوم الثانوية الصغيرة 30S. بينما يمنع المضاد الحيوي kanamycin ارتباطات أخرى في نهاية مرحلة البدء، ويسبب خطأ في قراءة الشفرة الوراثية.

يقوم المضاد الحيوي puromycin ، والذي يمتلك تركيب مشابه لجزيئة tyrosinyl aminoacyl tRNA بالارتباط بالموقع الرايبوسومي A ويشارك في تكوين الأصرة الببتيدية، منتجاً لمعقد peptidyl-puromycin. وعلى أية حال، فانه لا يدخل في عملية الانتقال وينفك بسرعة من الرايبوسوم مسبباً إنهاء مبكر لتخليق متعدد الببتيد. إن المضاد الحيوي puromycin يثبط وبكفاءة عملية تخليق البروتين في الكائنات بدائية وحقيقية النواة. أما المضاد الحيوي Diphtheria toxin ، وهو ذيفان خارجي exotoxin لبكتريا الخناق Corynebacterium diphtherium المخموجة بعاثي تحلحلي lysogenic phage متخصص والذي يحفز عملية AD ribosylation لعامل الاستطالة 2-EF في خلايا اللبائن. يثبط هذا التحوير العامل 2-EF وبهذا فانه يثبط عملية تخليق البروتين بشكل متخصص. ان العديد من الحيوانات (كما في الفأر) تكون مقاومة لذيفان بكتريا الخناق. هذه المقاومة تعزى إلى عدم قدرة ذيفان بكتريا الخناق على عبور الغشاء الخلوي فضلا عن عدم حساسية العامل 2-EF في الفأر لذيفان بكتريا الخناق .يسد المضاد الحيوي tetracycline موقع الحامض الأميني في الرايبوسوم A site ،مانعا ارتباط جزيئات الـ tRNA المحملة بالحامض الأميني aminoacyl tRNAs به .بينما يسد المضاد الحيوي chloramphenicol خطوة النقل الببتيدي peptidyl transfer step الحادثة في مرحلة الاستطالة في الوحدة الثانوية الكبيرة للرايبوسوم البكتيري 50S .