دخل الجيش العثماني البصرة، فتولى ولايتها يحيى باشا، ورتب جيشًا لحماية المدينة، ونظم شئونها، ولكنه بعد أن عادت الجيوش إلى أماكنها، وقوي أمره، تغيرت سيرته، فرفض قبول الدفتري — الدفتر دار — التركي، وامتنع عن أداء نفقات الجيش، ثم طرد الدفتري وأمراء الجيش، وطلب أن ينفرد بالحكم على أن يؤدي في كل عام مائتي كيس من النقود إلى خزينة الدولة، واستمر على عتوه منفردًا بالحكم حتى حدثت بينه وبين الانكشارية الذين في القورنة فتنة بسبب تأخير مرتباتهم، فأرسل لقتالهم فرسانًا من القبائل العربية التي تحت حكمه، فقتلوهم، ونجا منهم من فر، فبلغ ذلك السلطان، فأصدر أمره بعزله وبتوجيه ولاية البصرة إلى قره مصطفى باشا المعروف بقبوجي باشي، وذلك في سنة 1080ﻫ.

فسار الأمير الجديد بجيش من الأتراك، فاستلم البصرة، وبقي على إمارتها إلى سنة 1083ﻫ، فأبدل بمحافظ بغداد حسن باشا، ثم عُزِلَ، وتولى مكانه السلاحدار حسين باشا في سنة 1085ﻫ، فظل على ولاية البصرة إلى أن نُقِلَ في سنة 1088ﻫ إلى ولاية ديار بكر، فأعيد على البصرة حسن باشا، ثم طلبه السلطان في سنة 1092ﻫ، وأرجع على ولاية البصرة السلاحدار حسين باشا، ثم عُزِلَ في سنة 1094ﻫ ووجهت ولاية البصرة إلى الوزير عبد الرحمن باشا.

وكان هذا الوزير من خيرة الولاة عالمًا فاضلًا حسن السيرة والتدبير محبًّا للعلم والعلماء؛ فجدد بناء المساجد، وأحيا بعض المدارس، وأسس المدرسة المعروفة بالرحمانية — نسبة إليه — وخفف عن الأهلين بعض الضرائب، ومن أجل ذلك أحبه البصريون حبًّا جمًّا، ولكنه عُزِلَ في سنة 1098ﻫ، وتولى بدله حسين باشا الكمركجي فأساء السيرة وظلم الأهلين، فعزله السلطان في سنة 1099ﻫ، وأعاد الوزير عبد الرحمن ففرح البصريون بعودته، فلم يَدُمْ فرحهم إلا قليلًا؛ لأن السلطان عزله في سنة 1100ﻫ وولى على البصرة دفتريها السابق حسين باشا، ومنح له لقب الوزير أيضًا، فثار في أيامه — سنة 1102ﻫ — الشيخ مانع أمير المنتفك، وخرج على الدولة، فحدثت بينه وبين حسين باشا هذا عدة معارك انجلت عن انكسار حسين باشا شر كسرة؛ لعدم نصرة والي بغداد له، وكانت النتيجة أن قوي أمر مانع، فاستولى بعد انتصاره بقليل على جصان وبدره ومندلي، وعلى أثر ذلك عزل السلطان حسين باشا عن البصرة، وأرسل بدله الوزير أحمد باشا ابن عثمان باشا.