تمتاز نوعية المياه الجوفية بارتفاع معدلات تركيز الأملاح الذائبة الكلية وبمعدل مقداره 598 ملغم / لتر مقارنة بنوعية المياه السطحية في الأنهار والتي يقدر معدلها بحدود 106 ملغم / لتر ، ويرجع السبب في ذلك إلى الاتصال الدائم والمباشر للمياه الجوفية بالصخور مما يؤدي إلى تحلل العديد من المكونات المعدنية للصخور وإذابتها وامتزاجها بالمياه الجوفية مما يعمل على رفع تركيز الأملاح، كما تمتاز نوعية المياه الجوفية بالتباين المكاني الكبير إذ تتباين معدلات تركيز الأملاح بين أقل من 25 ملغم / لتر في ينابيع الكوارتز ( Quartzite Spring) وهي بذلك تفوق في نقاوتها المياه السطحية في الأنهار، في حين ترتفع ملوحة المياه الجوفية إلى أكثر من 300,000 ملغم / لتر في المحاليل الملحية (Todd & Mays, 2003: 330) (Brines) وهي بذلك تفوق ملوحة المياه البحرية في البحار والمحيطات إن الاسباب الرئيسة لتباين ملوحة المياه الجوفية يرجع في الغالب الى جملة عوامل ابرزها طبيعة مصادر التغذية وانواع الصخور الخازنة للمياه والضروف المناخية السائدة.