إن التراكيب الجزيئية التي تعطي فلورة تسمى بالفلوروفورات والجزيئات المتفلورة هي عادةً أروماتية أو انها جزيئات بأواصر ثنائية متبادلة ومتعددة، فالجزيئات التي لها هذه التراكيب لديها حالات تهيج إلكتروني واطئ ويكون التهيج اليها ممكناً بأشعة ذات أطوال موجية أطول من 200 نانوميتر وهذا يعني لها طاقات أقل من 550 كيلو جول لكل مول.

ليست كل الجزيئات التي تمتص أشعة في المنطقة المرئية أو فوق البنفسجية تكون لها فلـورة فمثلاً النيوكليوتيدات والدهون والكاربوهيدرات والأحماض الأمينية غير الأروماتية هي من ضمن المجاميع المهمة من المركبات التي لا تتفلور، لكن بعض العقاقير والفيتامينات مثل الرايبوفلافين Riboflavin) تظهر تفلوراً شديداً. ومن الأحماض الأمينية الأروماتية المهمة التي تظهر لديها تفلور هي التربتوفان والذي يمكــن مـــن معرفة التغيرات الحاصلة في تركيب البروتين (الثانوي أو الثالثي كونه يعطي فلورة جيدة وبطـول موجي تقريباً عند 355 نانوميتر بعكس في تقنية المطياف الضوئي الذي يعطي امتصاصية للضوء عند طول موجي

280 نانوميتر. وبالتالي يمكن استخدام تقنية الفلورة في تتبع حصول تغيير أو عدم حصوله للبروتين الحاوي على التربتوفان مع الإشارة بأن غالبية البروتينات تحوي على التربتوفان وعندها يمكن تطبيق الفلورة لإيجاد:

1- التغير الحاصل في تركيب البروتين (الثانوي والثالثي والرابعي) في حالة المسخ مثلاً.

2- التغير الحاصل عند ارتباط البروتين مع مركبات أخرى (مثلاً عند ارتباط الإنزيم (البروتين) مع مادة الأساس).

3- التغير الحاصل عند تداخلات المذيب مع الجزيئات البروتينية.

4- معرفة درجة المرونة Flexibility للبروتين، هل هو متغيرة أم ثابتة؟

5- قياس المسافة بين المادة التي تؤثر والمادة التي لها فلورة مثل التربتوفان في البروتين.

6- يمكن إدخال مادة لها القابلية علـى الفلـــورة مثل -8 سلفونات أنيلينو نفثالين (Anilinonaphthalene sulphonate (ANS - 8 بطريقة كيمائية معينة الى المركبات التـي لا تمتلك فلوروفورات لتتبع مسارها وهذه مشابهة لطريقة النظائر المشعة لتتبع المسار Pathway.