تلعب الحشرات ودودة الأرض والنباتات دوراً في التحلل الحيوي للمبيدات والملوثات العضوية الكيميائية الأخرى، لكن الدور الأهم يعود إلى الكائنات الحية المجهرية.

ويعرف الريزوسفير بأنه طبقة التربة التي تكون فيه جذور النباتات فعالة بشكل خاص، وهي جزء هام من التربة فيما يتعلق بتفكك النفايات، وهي منطقة الكتلة العضوية المتزايدة وتتأثر بنظام جذور النباتات بقوة وارتباط الكائنات الحية النباتية بجذور النباتات. تملك منطقة الريزوسفير كتلة عضوية ميكروبية أكثر بعشر مرات مقارنة مع باقي المناطق في التربة، وتختلف هذه النسبة تبعاً لخصائص التربة وخصائص النباتات والجذور بالإضافة للمحتوى المائي والأكسجيني للتربة.
تبدي النباتات والكائنات الحية المجهرية علاقة تعاونية قوية في الريزوسفير، وهذا يفيد النباتات ويُمكن هذه المجهريات في استمرار وجودها. حيث تقدم الخلايا السطحية المنتزعة من جذور النباتات أثناء نموها مواد غذائية للكائنات المجهرية، فهي تحتوي على الكربوهيدرات وأحماض أمينية وزيوت وغيرها حيث تشكل هذه المجهريات مستعمرات بكتيرية على سطوح الجذور الشعرية ، التي تعد المكان الملائم لها.
يحدث تفكك العديد من المركبات العضوية الصناعية في منطقة الريزوسفير، ولفهم ما يحدث قام مجموعة من الباحثين بالتركيز على مبيدات الأعشاب ومبيدات الحشرات والتي تستخدم بشكل واسع في زراعة المحاصيل، ومن بين هذه المركبات العضوية، مبيد D- 2.4 الذي يستخدم مع القمح والبرسيم الإفريقي وقصب السكر والكتان. أما الباراتيون فيستخدم مع الرز والفاصوليا، إضافة الكربوفوران الذي يستخدم مع الرز والأترازين للذرة، والديازينون من أجل القمح والذرة والبازلاء، ومركبات الكيلية عطرية ومركبات هيدروكربونية أريلية ومركبات كلوروكربونية للقصب، ومواد فعالة سطحياً للذرة وفول الصويا. ومن الملفت للإنتباه عند مراقبة التفكك الحيوي للمبيدات الهيدروكربونية العطرية متعددة الحلقات PAH المستخدمة في مرج من الأعشاب، تبين أن عملية الحرق المنتظمة لهذه الأعشاب يؤدي لتراكم كميات كبيرة من
هذه المبيدات في التربة.