يستنزف أغلب الماء الجوفي عبر آبار الماء والتي تحفر ضمن المنطقة المشبعة. لذلك نجد أن استخدام أو تحديداً سوء استخدام الماء من هذه المصادر يملك عدداً من التعقيدات البيئية. فمثلاً في الولايات المتحدة يتم استخدام حوالي ثلثي الماء الجوفي المبزول في الري، بينما تستخدم كميات أقل من الماء الجوفي في المجالات الصناعية والبلدية. حالما يسحب الماء، ينخفض مستوى سرير الماء بجوار النبع. هذا الانخفاض في مستوى الماء يخلق منطقة تخلخل ففي الحالات القصوى يتم استنزاف الماء الجوفي وقد ينخفض مستوى سطح الأرض (وهو أحد أسباب أن البندقية في إيطاليا مرشحة للغرق بشكل كبير حالياً).

كما قد ينتج الخفض الشديد لمستوى سرير الماء حدوث رشح للملوثات من منابعها مثل الخزانات العفنة ومواقع المخلفات البلدية ومقالب النفايات الخطرة. وعندما يوجد الحديد (II) أو المنغنيز (II) في الماء الجوفي، فإن التعرض للهواء عند جدران البئر يمكن أن يؤدي إلى تشكل ترسبات من أكاسيد الحديد (III) أو المنغنيز (IV) غير الذوابة الناتجة عن عمليات الوساطة البكتيرية :

تتجمع هذه الترسبات فوق خط السطوح التي يتدفق منها الماء إلى البئر ، مع تغطية بحيث تكون غير نفوذة للماء نسبياً. حيث تملأ هذه الترسبات التوضعات الرسوبية) الفراغات بحيث تمنع الماء من الدخول إلى البئر. وبالنتيجة نجد أن هذه الترسبات تعيق بشكل مريع تدفق الماء إلى البئر من الباجسات المحملة بالماء. وهو ما يسبب المشاكل الرئيسة في شح مياه الآبار كمصدر للتزود بالماء. ولحل هذه المشكلة قد يتطلب الأمر إجراء تنظيف كيميائي أو ميكانيكي، أو حفر آبار جديدة. أو حتى البحث عن مصادر ماء جديدة.