الطريقة الثالثة: تطبيق نظرية مراكز التكلفة 
عند التعامل مع البنود غير المباشرة بقصد توزيعها وتحميلها على النشاط قد يصلح مع بعض تلك البنود الإجراء الأول (التحويل إلى مباشر) ولا يصلح مع باقي البنود، وهنا يتم التعامل مع تلك البنود باستخدام الإجراء الثاني (الاقتراب من المباشرة) الذي قد يصلح بدوره مع بعض البنود الأخرى غير المباشرة كما أشرنا ولكن لا يصلح مع البنود الأخرى المتبقية (بعد الطريقة الأولى والثانية).
وهنا لن يكون أمامنا إلا الطريقة الثالثة التي يتم تطبيقها على البنود غير المباشرة التي لم يصلح معها الطريقتين السابقتين، وهذه الطريقة يطلق عليها "نظرية مراكز التكلفة".
ووفقاً لهذه النظرية يتم تقسيم المنشأة إلى مراكز يطلق على كل مركز منها مركز تكلفة ومركز التكلفة يعرف بأنه دائرة نشاط تتجمع وتتفاعل فيه عناصر التكلفة لإنتاج منتج معين أو أداء مهمة أو اختصاص معين، وبالتالي فإن لكل مركز وظيفة أو اختصاص واحد معين.
ومراكز التكلفة تنقسم إلى عدة مجموعات حسب الوظائف الرئيسية في المنشأة وذلك كما تمت الإشارة إليه سابقاً.
وأحد الوظائف الرئيسية في المنشأة هي وظيفة الخدمات العامة ويتم تقسيمها إلى مراكز تكلفة حيث يؤدي كل مركز منها وظيفة خدمية محددة مثل الصيانة والنقل والتخزين وغير ذلك من الخدمات العامة التي تقدم خدماتها للمراكز والوظائف الأخرى في المنشأة.
وهذه الطريقة تتطلب تحميل كل مركز خدمة بما إستفاد به من تكلفة غير مباشرة مثله في ذلك مثل المراكز الأخرى، وبالتالي يتم توزيع هذه التكاليف وتحميلها على المراكز المستفيدة منها (إنتاج وخدمات) وهذا من شأنه إحداث تجانس في مجموعة التكلفة المحملة على كل مركز تكلفة، حيث أن كل مجموعة تكلفة غير مباشرة متجمعة في مركز تكلفة تؤدي وظيفة واحدة ولها هدف واحد محدد وتسلك نفس المسار في هذا المركز مما يحقق لها التجانس من حيث الهدف والوظيفة.
وتتوقف دقة هذا التحميل أو التوزيع على دقة تحديد مراكز التكلفة ودقة تحديد وظيفة كل منها. 
ولتنفيذ هذه الطريقة (نظرية مراكز التكلفة) لمعالجة مشكلة البنود غير المباشرة المتبقية يتم إتباع مجموعة من الخطوات التي تنتهي بتحديد معدلات تحميل تكلفة مراكز الانتاج على الأوامر، وبالتالي تحديد نصيب كل أمر تشغيل منها. وهذه الخطوات تكون على النحو التالي: 
أ - تنقسم البنود غير المباشرة في هذه الحالة إلى نوعين:
ــ تكاليف غير مباشرة خاصة أي يخص البند مركز تكلفة معين (إنتاج أو تسويق أو خدمات...) بمعني أن مركز التكلفة قد أنفقه بمعرفته وبالتالي يخص ذلك المركز بشكل محدد، وبالتالي يتم تحميل هذه النوعية من البنود مباشرة على تلك المراكز حسب ما يخص كل مركز منها. وهذه البنود لا تتطلب جهداً في تحميلها على تلك المراكز .
ــ تكاليف غير مباشرة عامة وهي البنود غير المباشرة التي يستفيد منها أكثر من مركز تكلفة، وبالتالي يتم توزيعها على مراكز التكلفة المستفيدة منها بإستخدام أساس توزيع مناسب لهذا البند العام (كما يتضح فيما بعد).
ب- يتم تجميع التكاليف غير المباشرة بنوعيها لكل مركز تكلفة وهذا المجموع يشتمل حتى الآن على التكلفة غير المباشرة الخاصة بالمركز، مضافاً إليها نصيب المركز من التكلفة غير المباشرة العامة.
ج - يتم توزيع تكاليف مراكز الخدمات العامة على المراكز الأخرى المستفيدة (إنتاجية - تسويقية - إدارية وتمويلية...) وذلك باستخدام أساس مناسب لطبيعة الوظيفة التي يؤديها مركز الخدمة (ونوضح تلك الأسس فيما بعد).
د – فيما يتعلق بمراكز الإنتاج تتحمل طبقاً للخطوة السابقة (جـ) بنصيب من تكلفة مراكز الخدمات العامة وذلك بإتباع إحدى طرق التوزيع، وبالتالي يكون المتجمع من التكلفة غير المباشرة حتى الآن في مركز الإنتاج البنود التالية:
التكلفة غير المباشرة الخاصة بمركز الإنتاج.
+ نصيب مركز الإنتاج من التكلفة غير المباشرة العامة
+ نصيب مركز الإنتاج من تكاليف مراكز الخدمات العامة.
هـ - يتم تجميع تكلفة مركز الإنتاج التي تضم الأنواع الثلاثة السابقة في رقم إجمالي ثم تتم قسمته على أساس التحميل المناسب، وأساس التحميل قد يكون ساعات العمل المباشر وقد يكون ساعات دوران الآلات أو أي أساس آخر مناسب لمركزالإنتاج.
فإذا كان العمل الغالب في مركز الإنتاج هو العمل اليدوي فإن أساس التحميل المناسب يكون ساعات العمل المباشر، حيث أن هذا يعني أن التكلفة غير المباشرة لهذا المركز تدور وتتأثر بساعات العمل المباشر وترتبط بها وبالتالي تزيد وتنقص تلك التكلفة غير المباشرة بزيادة ونقص تلك الساعات فتكون هي الأساس المناسب. أما إذا كان العمل الغالب في مركز الإنتاج هو العمل الآلي فإن أساس التحميل المناسب يكون في هذه الحالة هو ساعات دوران الآلات ومرجع ذلك أن التكاليف غير المباشرة تدور وتتأثر في هذه الحالة بساعات دوران الآلات وترتبط بها بشكل غالب. أو قد يكون أي أساس آخر مناسب لمركز الإنتاج.
و - ناتج الخطوة السابقة (هـ) يكون معدل تحميل الساعة أو أي أساس آخر، من التكاليف غير المباشرة لمركز الإنتاج.
وجدير بالذكر في هذا المقام أن معدل التحميل للتكاليف غير المباشرة يتم استخراجه  للساعة (عمل مباشر أو عمل آلي) وليس للوحدة المنتجة كما هو الحال مع التكاليف المباشرة. وهذا يرجع إلى أن هناك ارتباط مباشر واضح بين الوحدة المنتجة (وحدة نشاط )وبين التكلفة المباشرة. أما بالنسبة للتكلفة غير المباشرة (التي تتعلق بالبنود المتبقية بعد الإجراء (1،2) فإنها لا ترتبط مباشرة بوحدة الإنتاج وإنما ترتبط بساعات العمل المباشرة أو بساعات العمل الآلي وبالتالي يتم حساب معدل التكاليف غير المباشرة للساعة وبعد ذلك يمكن حساب تكلفة الوحدة أو أمر التشغيل إذا علمنا عدد ساعات إستفادة الوحدة أو أمر التشغيل من مركز الإنتاج كما يتضح في الإجراء التالي (ز).
ز - بعد تحديد معدل الساعة من التكلفة غير المباشرة في مركز الإنتاج يتم تحديد عدد ساعات إستفادة العملية أو أمر التشغيل من مركز الإنتاج المختص. وبضرب معدل التكلفة غير المباشرة للساعة في عدد ساعات إستفادة الأمر يكون الناتج نصيب أمر التشغيل من التكلفة غير المباشرة. وهذا هو هدف نظرية مراكز التكلفة حيث أنها تتبع تلك الخطوات السابقة بهدف توصيل تلك التكلفة غير المباشرة بدقة وبعدالة على قدر الإمكان لكل أمر تشغيل حسب إستفادته من موارد المنشأة.
 
مثال :
فيما يلي البيانات المستخرجة من سجلات مصنع الرخام عن شهر يناير 2018 :
 
فإذا علمت أن:
1- العمل الغالب في المصنع هو العمل الآلي.
2- يتم توزيع تكاليف مراكز الخدمات العامة على مراكز الإنتاج فقط على النحو التالي:
- مركز النقل بالتساوي.
- مركز المخازن بنسبة قيمة المواد الخام.
- مركز الصيانة بنسبة ساعات دوران الآلات.
3- خلال الشهر تم الانتهاء من الأمر رقم (1) الذي إستفاد 500 ساعة من مركز التقطيع، 400 ساعة من مركز التشطيب.
المطلوب :
أولاً: إعداد كشف توزيع التكلفة غير المباشرة للمصنع واستخراج معدل تحميل التكلفة غير المباشرة للساعة مع بيان خطوات الحل.
ثانيا: تحديد التكلفة غير المباشرة لأمر التشغيل رقم (1).
الحل 
أولا : كشف توزيع التكاليف غير المباشرة للمصنع عن شهر يناير
 
 
ملاحظات على الحل :
1 - تكلفة المواد الخام وأجور عمال الإنتاج الواردة بالمثال تكلفة مباشرة على أوامر التشغيل، لذلك تحمل مباشرة على كل أمر بقدر ما استخدم منها وبالتالي لا تدرج في كشف توزيع التكلفة غير المباشرة.
2 - البنود 1 ، 2 ، 3 في كشف التوزيع بنود تكاليف غير مباشرة خاصة تم إنفاقها بمعرفة كل مركز ، ولذلك فهي محددة لكل مركز على حدة وبالتالي تم تحميلها مباشرة بقدر ما يخصه منها.
3 ـ البنود 4 ، 5 بكشف التوزيع هي في الأصل تكلفة غير مباشرة عامة لوجود أكثر من مركز يستفيد من خدماتها ولكن نظراً لوجود مراكز خدمات تنتمي لها هذه البنود فتحمل عليها مباشرة وتعتبر بنداً خاصاً .
ـ تكلفة صيانة الآلات (بند 4) تكلفة عامة ولكن نظراً لوجود مركز خدمة صيانة لذلك تحمل تكلفة الصيانة على هذا المركز وتعتبر بنداً خاصا على هذا المركز.
وكذلك الحال إيجار المخازن (بند 5) ولو أنه بند عام إلا أنه يعتبر بنداً خاصاً لوجود مركز خدمة المخازن ضمن مراكز الخدمات.
4- البند رقم (6) إهلاك الآلات والمعدات بند عام نظراً لاستفادة أكثر من مركز منه، ويتم توزيعه على المراكز المستفيدة بنسبة قيم الآلات والمعدات.
 
5 - البند رقم (7) تكلفة قوى محركة بند عام لاستفادة أكثر من مركز منه، ويتم توزيعه على المراكز المستفيدة بنسبة ساعات دوران الآلات نظراً لارتباط القوى
المحركة بعدد ساعات الدوران وذلك على النحو التالي:

 6- البند رقم (8) التأمين على الآلات والمعدات بند عام لاستفادة أكثر من مركز منه، ويتم توزيعه على المراكز المستفيدة حسب قيم الآلات والمعدات، مثل البند رقم (6) إهلاك الآلات والمعدات.
7- تم توزيع تكلفة مركز النقل بالتساوي بين مركزي الإنتاج فقط.
8- أما مركز المخازن فقد تم توزيعه على مركزي الإنتاج بنسبة قيمة المواد الخام :
 
9- تم توزيع مركز الصيانة على مركزي الإنتاج بنسبة ساعات دوران الآلات :
  
10 ـ مجموع تكلفة مراكز الإنتاج تشتمل على تكلفته غير المباشرة الخاصة ونصيبه من التكلفة غير المباشرة العامة وكذلك أنصبته من مراكز الخدمات الثلاث.
وبقسمة هذا المجموع على أساس التحميل وهو هنا ساعات دوران الآلات يتم استخراج معدل تحميل الساعة من التكلفة غير المباشرة.
ثانياً : التكلفة غير المباشرة لأمر التشغيل رقم (1)