تتكون البروتينات من العديد من الأحماض الأمينية التي تحتوي على سلاسل جانبية بعضها محب للماء hydrophilic وبعضها كاره للماء hydrophobic والمبدأ الأساسي أن الأحماض الأمينية الكارهة للماء تميل لأن تستقر في قلب البروتين بينما السلاسل الجانبية المحبة للماء تكون في الأطراف الخارجية شكل (9-10)

شكل (10-9)

أ - يوضح عملية التعبئة لجزيئات من البوليبيبتيدات وكيفية عزل الأجزاء المحبة للماء والكارهة للماء في أماكن مختلفة.

ب- يوضح التركيب البلوري ووجود جزيئين من الماء لكل جزيء من البوليبيبتيد.

وقابلية الانجذاب للماء للوحدات الكربونية والأمينية في العمود الفقري للبروتين تتعادل بواسطة روابط هيدروجينية كما هو الحال في الحلزون α (أشكال 11-9، 12-9، 13-9)

      شكل (11-9)                                  شكل (12-9)

شكل اللولب α يوضح أهمية الروابط          لقطات توضح الشكل الفراغي لللولب الهيدروجينية         α أخذت عمودية على المحور اللولبي

تأثير عملية التعبئة في البلورات على الشكل الهندسي للجزيئات له أهمية لأنه يجيب على السؤال: هل شكل الجزيء في البلورة هو نفسه (كشكل له طاقة منخفضة وليس بالضرورة الشكل ذا الطاقة الدنيا) الموجود في المحاليل أو الغازات فتأثير عملية التعبئة بصفة عامة له تأثير متواضع على الشكل الهندسي للجزيئات إلا أن طاقة التعبئة ربما ترجح أحد الأشكال على الآخر.

شكل (13-9)

ترتيب الأحماض الأمينية في جزء من البروتين

وعلى أي حال فإنه من المحتمل أن تكون الظروف التي تتم فيها إنماء البلورة هي التي تجعل الشكل الهندسي للجزيء هو نفسه الشكل الموجود في المحلول حتى لو أنه ليس بالضرورة الشكل الموجود بصورة منتشرة popular.

وقد تمت دراسة أمثلة كثيرة وعلى سبيل المثال فإن خماسي البيبتيد الحلقي cyclic pent peptide تتكون بلورته من أربعة جزيئات في الوحدة اللامتماثلة بالإضافة لعدد سبعة جزيئات من التولوين Toluene وجزيئين من الميثانول methanol، وقد وجد أن الشكل الهندسي الجزيئات البيبتيد الأربعة متساوية تماما ما عدا بعض الاختلافات البسيطة كما في الشكل (14-9) وهذا يبرهن على تغير الشكل الجزيئي داخل البلورة.

شكل (14-9)

أربع جزيئات من الببتيد في الوحدة اللامتماثلة للوحدة البنائية للبلورة