كان على رأس الامبراطورية الايلخانية، الحاكم المغولي الاعلى ويدعى ايلخان وتشير المصادر المتعددة لاسيما النقود الى الالقاب الكثيرة التي تلقب بها الامبراطور المغولي فلقب الايلخان وهو اهم الالقاب ويعني في الايغورية سيد القبيلة وهو يشير الى الأصول القبلية للحكام الجدد، وأحيانا يرد هذا اللقب بصيغة الايلخان الاعظم، وهناك لقب قا آن، وبادشاه ويعني السلطان الملك الكبير، وأحيانا يرد بصيغة سلطان/ ملك العالم أو الدنيا. ومن الالقاب ايضا التي استخدمها الاباطرة المغول هو السلطان وهو لقب عربي، ويلحق به احيانا صفات متعددة مثل السلطان الاعظم أو المعظم أو العادل، وغيرها، ويرد هذا اللقب من ضمن القاب ابو سعيد على نقوده ومن القاب الاباطرة المغول ايضا مالك رقاب الامم وظهر في العملات العائدة لهولاكو واولجايتو، وهناك لقب المولى وظهر في نقود ابو سعيد، واخيرا تلقب بعضهم بلقب غياث الدين والدنيا كما هو الحال مع اولجايتو. كانت ادارة الامبراطورية الايلخانية لا مركزية، ويتمتع حاكم العراق بدرجة من الاستقلال في ادارة شؤونه مقابل تقديمه المال اللازم لخزينة الامبراطور وارسال القوات العسكرية المناسبة له في حالات الحرب. ولكن هذه اللامركزية لم تكن كاملة لان الحاكم الايلخان كان يزور العراق ويقضي الشتاء في ربوعه في بعض الاحيان. كما كان يرسل مشرفا يستقصي شؤونه عن كثب ويرفع اليه تقريرا عنه. وكانت سلطة الايلخان غير محدودة وله حق قتل من يريد ولم تكن للشعب حقوق بل كانت عليهم واجبات اهمها الطاعة ودفع الضرائب المتنوعة. ومن اهم سمات حكومة العراق في هذا العهد عدم الاستقرار والفساد، وكثيرا ما نقرأ عن عزل وقتل الاداريين على الاغلب نتيجة الوشايات. الا ان ذلك العهد لم يخل من اصلاحات نادرة كما هو الحال في عهد الايلخان السابع محمود غازان (1295- 1303م) الذي أصبح الاسلام في عهده دين الدولة الرسمي. الا ان تلك الاصلاحات كانت وقتية وذات أثر محدود فاستمر الامن مضطربا خارج المدن، واستمرت البلاد منهوكة القوى لما اصبها من خراب. لقد تحول العراق بعد ان احتله المغول الى جزء من الامبراطورية الايلخانية التي اتخذت تبريز عاصمة لها، ثم تحولت الى السلطانية في اذربيجان. وبذلك فقدت بغداد مركزها المتميز في العالم الاسلامي، وحل الدمار والخراب محل الازدهار والعمران. وقد بادرت الدولة الايلخانية الى تقسيم العراق الى ثلاثة اقسام هي: اقليم الجبال، وفيه شهرزور واقليم الجزيرة الفراتية، وفيه ماردين والموصل وسنجار والعمادية واربيل، واقليم العراق وعاصمته بغداد، وهو القسم الاهم، ويمتد ما بين الزاب الاعلى الى عبادان طولا، وبين القادسية وحلوان عرضا وقسم الاقليم الاخير الى ست مناطق رئيسة أطلق عليها اسم اعمال وهي: بغداد، الاعمال الشرقية، الاعمال الفراتية الاعمال الحلية والكوفية، والاعمال الواسطية والبصرية، ثم اضيفت اليها بعد سقوط امارة الموصل 1260م الموصل واربيل. وأصبح على راس كل منها مسؤول يطلق عليه لقب، صدر، وهي وظيفة عرفت في اواخر العصر العباسي. الا انها اخذت شكل نظام مستقر في عهد الاحتلال، وتتميز عامة بجمعها ضمان الارض وتولي حكمها. ولم تكن هذه التقسيمات محددة وأقرب الى ان تكون نظرية. اذ انه من العسير تعيين حدودها وحصر المدن والمناطق المرتبطة بها اداريا. ويرجع ذلك الى عدم الاستقرار السياسي والعسكري والاقتصادي مما ادى الى تغير مستمر في حدودها. ومع ذلك يلاحظ ان حكومة بغداد بدأت باستعادة نفوذها ليس على حدود الولاية المحددة لها، وانما على الاقسام الادارية المجاورة لها. فضمت اليها اقليم الاحواز وعاصمته تستر وكذلك جزءاً من اقليم ديار بكر. ولهذا يمكن القول ان معظم اراضي العراق خضعت الى ادارة واحدة عاصمتها، بغداد متجاوزة في هذا التقسيمات الادارية الايلخانية المفترضة. ومن هنا جاءت اهمية ولاية بغداد بالنسبة الى الدولة الايلخانية، فكانت تسمى مملكة ولقب حكامها احيانا بالملوك، وكانت ترابط فيها حامية عسكرية قوية. ان ادارة الايلخانيين للعراق في كثير من مظاهرها استمرار للإدارة العباسية في عهودها المتأخرة. ويمكننا ان نرى فيها تبسيطا لتلك الادارة، حيث ابقى هولاكو على الوضع الاداري كما كان عليه، وحافظ الى حد ما على التقسمات الادارية القديمة، ولتسهيل مهمته في ادارة العراق، فقد عهد بعد الاحتلال الى بعض الاداريين من عهد الخليفة العباسي الاخير ان يضعوا اسس تنظيم ادارة ،العراق، وتألفت الادارة المؤقتة من علي بهادر الخرساني شحنة، ومؤيد الدين بن العلقمي وزيرا ، وفخر الدين الدامغاني صاحبا للديوان ونجم الدين احمد بن عمران صدرا للأعمال الشرقية، وعبد المنعم البندنيجي قاضيا، وتاج الدين على بن الدوامي صدرا للأعمال الفراتية، فكانوا جميعا من العراق باستثناء الاول. وبذلك اخذت الطمأنينة تعود شيئا فشيئا الى البلاد، واستطاع من بقي من الناس ان يفتشوا عن اموالهم واعمالهم، وشرع الموظفون ورجال الادارة الجدد بترميم ما يمكن ترميمه من المساجد والمدارس والربط والقصور والدور والجسور والشوارع والاسواق. وبذلك نجد ان سلطة الاحتلال لم تبدل نظام الحكم، بل استبقت الحالة على ما هي عليه، وتم الاحتفاظ بالترتيبات الادارية الموجودة من العهد السابق، الا انها جعلت السلطة مرتبطة دائما بأمراء المغول، يرجع إليهم الوزير في كافة الأمور الذين يتصرفون بالبلاد كما يشاؤون. لقد جاءت التبديلات الادارية في العصر الايلخاني لتتلاءم في الواقع مع تطور الاوضاع العامة، وقد تحولت البلاد الى التبعية لدولة اجنبية كبيرة، فأدمجت الوحدات المعروفة في العهد العباسي الاخير في وحدات أكبر وصولا الى تحقيق سيطرة قوية. والغيت الدواوين المركزية وأبقى على الديوان الزمام الذي كان ديوان الدواوين في اواخر العصر العباسي وديوان الوزير ولكن سرعان ما أدمجا بديوان واحد أطلق عليه اسم الديوان يرأسه صاحب الديوان الذي أصبح يحتل مكانة عليا في الادارة المدنية، حيث يشرف على شؤون البلاد المالية، ويتمتع بسلطة تعيين كبار الموظفين كقاضي القضاة والصدور والنظار. ويرتبط بصاحب الديوان (كاتب السلة)، ويترأس كتاب العراق، ولهذا يطلق عليه احيانا اسم كاتب العراق. ومن الوظائف المدنية المهمة الأخرى التي استمرت في العهد الايلخاني (خازن الديوان) و (صدر) (وقوف) و (الناظر) و (المشرف). والناظر وضيفة مالية بالدرجة الاولى لكن بسبب فقدان التحديد في الادارة، فانه كان يقوم بالأشراف على امور ادارية احيانا، بل ويقوم بواجبات الصدر نفسها. اما المشرف وهي الوظيفة التي تقوم الى جانب بقية الوظائف المهمة كالصدر والناظر، فقد ازدادت اهميتها في العصر الايلخاني، فصار هناك مشرف على صاحب ديوان بغداد ومشرف العراق. ومهمة شاغل الوظيفة الاشراف على ضبط الحسابات والصادرات والواردات والموازنة بينهما. ولا شك في ان تأكيد الايلخانيين على هذه الوظيفة، بحيث ان تعيين شاغلها وعزله، كان يتم بالأمر من السلطان المغولي نفسه، بسبب: معرفتهم بفساد الجهاز الاداري، والى رغبتهم في احكام سيطرتهم على اجزاء ممتلكاتهم، وجشعهم الشديد الذي كان يدفعهم الى الحصول على أكبر قدر من الاموال من السكان الخاضعين لهم. ولهذا كان المشرف يقدم حساباته الى السلطان نفسه. ولكن التطور الذي حصل فيما بعد باستحداث منصب (مشرف الممالك) عام 1280م. وهو المشرف العام للدولة الايلخانية جعل مشرف بغداد مسؤولا لديه. وكان مشرف بغداد ينيب عنه في كل ولاية او اقليم نائبا يحمل الاسم نفسه. وتجدر الملاحظة بان معظم المشرفين في ادارة العراق كانوا من ابناءه لأنهم الاعلم بأموره المالية. ومن المناصب المهمة التي هي استمرار لما كانت عليه في العصر العباسي، منصب قاضي القضاة ويحتل شاغله منزلة ارفع الوظائف الدينية واجلها قدرا. ولهذا كان امر تعيينه يصدره السلطان نفسه. ومهمته القيام بالأمور الشرعية والحكم بين الخصوم ، وهو مسؤول عن تعيين القضاة والنواب ومتقلدي المناصب الشرعية في مختلف انحاء البلاد ومراقبتهم ونقلهم وعزلهم ، وتثبيت الحجج والوثائق وعقود الزواج وقسمة التركات وتوليه الاوقاف والنظر في القضايا المتعلقة بالأمور الشرعية وغالبا ما كان المرشحون لتولي مناصب القضاة هم مدرسو المدارس الدينية ، وبحكم معرفتهم بأصول الشريعة الاسلامية التي هي مصدر الاحكام في الفصل في الخلافات بين المسلمين وكان لكل قاضي عدد من العدول يساعدونه في مهمته كما كان الحال في العصر العباسي واقرب الوظائف من وظيفة القاضي، الحسبة وصاحبها المحتسب، ومهمته مراقبة الاسواق ومحاسبة المقصرين والامر بالمعروف والنهي عن المنكر . ونظام الاحتساب كغيره من الانظمة الادارية الأخرى، كان قائما في العصر العباسي واستمر في العهد الايلخاني. وهذه الوظائف الادارية المدنية والمالية المهمة غالبا ما تركت بيد العراقيين، الا ان الادارة العسكرية، وعلى راسها وظيفة (الشحنكية) بقيت بيد المغول، مما يدل على طبيعة نظام الاحتلال القائم على التعسف والاستغلال. فمع انه نظريا كان هناك نوع من الاستقلال بين الادارتين المدنية والعسكرية، بحيث لا يجوز لمتولي أي منهما عزل الآخر، لأنها مهمة الايلخان وحده، فان بإمكان الشحنة (القائد العسكري) التنكيل بصاحب الديوان نفسه، قبل ان يبعث بالأمر الى الايلخان طالبا موافقته على ذلك الاجراء والشحنة في الاصل منصب استحدثه السلاجقة في القرن الحادي عشر الميلادي وشاع في البلاد الاسلامية وكان شاغله مسؤولا عن ادارة المدينة والمحافظة على امنها واستقرارها. ولكن الشحنة أصبح في عهد الاحتلال المغولي يؤدي ما يشبه وظيفة الحاكم العسكري العام واهم واجباته استتباب الأمن في البلاد والقضاء على التمرد والانتفاضات، ومراقبة صاحب الديوان اي حاكم العراق الاداري لضمان ولائه للايلخان. فكان الشحنة عين الايلخان على رؤساء ادارة العراق من الموظفين المدنيين. ولهذا بقي الذين تولوا هذا المنصب في المدن العراقية من المغول، ولاسيما من كبار ضباط الاحتلال، بخلاف المناصب الادارية الأخرى. فقد كان الشحنة يمثل الصلة بين والحكومة المركزية. وكانت لشحنة بغداد اهمية تفوق اهمية اقرانه في المدن العراقية الأخرى نظرا لثقلها الاداري والسياسي وجسامة دور حاميتها العسكرية المغولية في تثبيت سلطة الاحتلال ومن الوظائف العسكرية الاخرى المهمة نائب الشرطة وهو المسؤول عن المحافظة على شؤون الامن في بغداد والمدن الأخرى. ويتدخل الشحنة إذا ما عجز نائب الشرطة عن مواجهه امر خطير يهدد الهيمنة المغولية في البلاد.