تثبت الروابط الهيدروجنية وقوى فاندر فالس الحلزون ألفا α-helix

بما أن الحلزون ألفا هو الهيئة الفراغية الأضعف طاقياً والاكثر ثباتاً لسلسلة عديد الببتيد. لذلك فهويتشكل تلقائياً. وتنجم ثباتية الحلزون ألفا بالدرجة الاولى عن تشكل أكبر عدد ممكن من الروابط الهيدروجينية، ويعمل نتروجين الببتيد في ثمالة معينة  من الحلزون كواهب للهيدروجين أما التقبل فيكون أكسجين كربونيل الثمالة الرابعة قبل ثمالة النيتروجين في البتية الأولية (الشكل 4-6).

الشكل 4-6 : تحمل الروابط الهيدروجبنية (النقطة) المتشكلة بين ذرات H و0 على تتببت. عديد الببتبد بالهينة لفراغية الطزونية الفا.

ولهذه الروابط الهيدروجينية مسافة مثالية يين ذرتي 0 و N وتبلغ 28 نم (25 أنج). وتمنح تأثرآت فان در فالس ثباتاً إضافياً للحلنون حيث تكون الذرات المكدسة (Packed) جيد أ في قلب الحلزون ألفا واقعة على تماس قوى فان درفالس الواحدة مع الأخرى عبر محور الحلزون ألفا.

تكون ثمالات الألانين والجلوتامين وا لليوسين والميثيونين في الحلزون ألفا أكثر شيوعاً من ثمالات الجليسين والبرولين والسيرين والتيروزين.

بما أن النتروجين الببتيدي لثمالة البروليل لا يستطيع تشكيل رأبطاً هيدروجينياً، فإن البرولين يناسب ,فقط اللفة الاولى من الحلزون ألفا، ووجوده في أي موقع آخر سيؤدي إلى حدوث انحناء في  الحلزون. ومع ذلك فليست كل الانحناءات في الحلزون ألفا ناجمة عن ثمالات البروليل»  بل تحصل الانحناءات في  كثير من الأحيان عند ثمالات الجليسين أيضا.