تنقى الببتيدات قبل تحليل بنيتها

تبقى معلومات سلسلة الببتيد غير قابلة للتأويل ما لم تتجاوز نسبة التجانس (Homogeneity)، المقدرة بطريقة SD5-PAGE، القيمة 95 %، ولذلك لابدمن تنقية الببتيد أولاً بالطرق المناسبة . ولتقييم فعالية خطة التنقية، يجب تحديد نقاوة العينة بعد كل خطوة؛ فإذا كان للببتيد المدروس خاصة مميزة ما (كأن يكون له نشاط تحفيزي أو طيف امتصاص خاص أو قابلية للتآثر مع أحد الأضداد)، فإن ذلك سيسمح بتمييزه. وبالمناسبة فإن لهلامات عديد الأكريلاميد النقية أو المرتبطة مع SDS قدرة عالية على الفصل كما أن تقنيتها سريعة وسهلة، ويمكن استخدامها لتحليل عدة عينات، كما تعطى مقياسا بصرياً لفعالية مخطط التنقية.