تحدد التفاعلات الكيميائية للأحماض الأمينية من قبل مجموعاتها الوظيفية

تمتلك الأحماض الأمينية ، كما أسلفنا ، على مجموعات وظيفية هي المجموعات الوظيفية الكربوكسيلية ألفا والأمينية ألفا وتلك الموجودة في السلاسل الجانبية R. وتحدد هذه الوظائف نمط التفاعلات الكيميائية التي تدخلها الأحماض الأمينية ، حيث يمكن لكل من هذه الوظائف أن تشارك في كل التفاعلات الكيميائية المميزة لها. وتشتمل هذه التفاعلات على تفاعلات الزمرة الكربوكسيلية كالتأين وتشكيل الأميدات والإسترات وبلاماء الأحماض (أنهيدرات )  (Acid anhydride). كما تضم أيضاً تفاعلات تأين وأسترة وأسيلة الزمرة الامينية، وأكسدة والكلة ( Alkylation) زمر السلفهيدريل (^SH-) ، وأسترة الزمرة الهيدروكسيلية ^(OH-) .. الخ.