لا يخفى على كلّ متأمل منصف كثرة ما روي عنه (عليه السلام) من الأخبار و الآثار و العلوم و التفسير و الفنون و الآداب و الاحكام بحيث يصعب على العقل احصاؤها، و قد اقتبس الصحابة و الوجوه و الاعيان و الرؤساء و الفقهاء من علمه، و كانوا يضربون المثل بكثرة علمه:

يا باقر العلم لأهل التقى‏           و خير من لبّى على الأجبل‏

روى الشيخ المفيد مسندا عن عبد اللّه بن عطاء المكي انّه قال : ما رأيت العلماء عند أحد قط أصغر منهم عند أبي جعفر محمد بن عليّ بن الحسين (عليهم السّلام) و لقد رأيت الحكم بن عتيبة مع جلالته في القوم بين يديه كأنّه صبيّ بين يدي معلمه، و كان جابر بن يزيد الجعفي إذا روى عن محمد بن عليّ (عليهما السّلام) شيئا قال: حدّثني وصيّ الأوصياء و وراث علوم الأنبياء محمد بن عليّ بن الحسين (عليهم السّلام)‏ .

 و روى الشيخ الكشي عن محمد بن مسلم انّه قال: ما شجر في رأيي شي‏ء قط الّا سألت عنه أبا جعفر (عليه السلام) حتى سألته عن ثلاثين ألف حديث، و سألت أبا عبد اللّه عن ستة عشر ألف حديث‏ .

 و روي عن حبابة الوالبيّة انّها قالت: رأيت رجلا بمكة أصيلا (وقت العصر) بالملتزم أو بين الباب و الحجر على صعدة من الأرض و قد حزم وسطه على المئزر بعمامة خز و الغزالة  تخال على ذلك الجبل كالعمائم على قمم الرجال و قد صاعد كفه و طرفه نحو السماء و يدعو، فلمّا انثال الناس عليه يستفتونه عن المعضلات و يستفتحون أبواب المشكلات فلم يرم حتى أفتاهم في ألف مسألة.

ثم نهض يريد رحله و مناد ينادي بصوت صهل : الا انّ هذا النور الأبلج المسرّج و النسيم الأرج و الحق المرج‏  أي الحق المضيع الذي لا يعرف الناس قدره جهلا أو خوفا من الاعداء و آخرون يقولون: من هذا؟ فقيل: محمد بن عليّ الباقر، علم العلم، الناطق عن الفهم، محمد بن عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب (عليهم السّلام)‏ .

قال ابن شهرآشوب: لم يظهر عن أحد من ولد الحسن و الحسين (عليهما السّلام) من العلوم ما ظهر منه في التفسير و الكلام و الفتيا و الاحكام و الحلال و الحرام و حديث جابر (رضى اللّه عنه) في حقه (عليه السلام) مشهور و معروف و ذكره فقهاء المدينة و العراق بأجمعهم.

و قد أخبرني جدّي شهرآشوب و المنتهى ابن كيابكي الحسيني بطرق كثيرة عن سعيد بن المسيّب و سليمان الأعمش، و أبان بن تغلب، و محمد بن مسلم، و زرارة بن أعين، و أبي خالد الكابلي: انّ جابر بن عبد اللّه الانصاري كان يقعد في مسجد رسول اللّه (صلى الله عليه واله)ينادي: يا باقر، يا باقر العلم، فكان أهل المدينة يقولون: جابر يهجر.

و كان يقول: و اللّه ما أهجر و لكنّي سمعت رسول اللّه (صلى الله عليه واله)يقول: انّك ستدرك رجلا من أهل بيتي اسمه اسمي و شمائله شمائلي يبقر العلم بقرا فذاك الذي دعاني الى ما أقول.

و روي أيضا عن أبي السعادات في فضائل الصحابة انّ جابر الانصاري بلّغ سلام رسول اللّه (صلى الله عليه واله)الى محمد الباقر، فقال له محمد بن عليّ : أثبت وصيتك فانّك راحل الى ربك، فبكى جابر فقال له: يا سيدي و ما علمك بذلك فهذا عهد عهده إليّ رسول اللّه، فقال له: و اللّه يا جابر لقد أعطاني اللّه علم ما كان و ما هو كائن الى يوم القيامة، و أوصى جابر وصاياه و ادركته الوفاة .

و روي عن رسول اللّه (صلى الله عليه واله) انّه قال: إذا فارق الحسين الدنيا، فالقائم بالامر بعده عليّ ابنه و هو الحجة و الامام و سيخرج اللّه من صلب علي ابنا اسمه اسمي و علمه علمي و حكمه حكمي، و هو اشبه الناس الي و هو الامام و الحجة بعد أبيه‏ .

روى صاحب كشف الغمة عن أفلح مولى أبي جعفر (عليه السلام) انّه قال: خرجت مع محمد بن عليّ (عليهما السّلام) حاجا فلمّا دخل المسجد نظر الى البيت فبكى حتى علا صوته، فقلت: بأبي أنت و أمّي انّ الناس ينظرون إليك فلو رفقت بصوتك قليلا، قال: ويحك يا أفلح و لم لا أبكي لعلّ اللّه تعالى أن ينظر إليّ منه برحمة فأفوز بها عنده غدا.

قال: ثم طاف بالبيت ثم جاء حتى ركع عند المقام فرفع رأسه من سجوده فاذا موضع سجوده مبتل من دموع عينيه‏ .

و كان إذا ضحك قال: اللهم لا تمقتني، و روي عن ولده جعفر (عليه السلام) قال: كان أبي يقول في جوف الليل في تضرّعه: أمرتني فلم آتمر و نهيتني فلم أنزجر، فها أنا ذا عبدك بين يديك و لا أعتذر ، و كان (عليه السلام) يتصدق في كلّ جمعة بدينار و يقول ان الصدقة يوم الجمعة تتضاعف.

روى الشيخ الكليني عن الامام الصادق (عليه السلام) انّه قال: كان أبي إذا أحزنه أمر جمع النساء و الصبيان ثم دعا و أمّنوا .

و روى أيضا عنه (عليه السلام) انّه قال: كان أبي (عليه السلام) كثير الذكر، لقد كنت أمشي معه و انّه ليذكر اللّه، و آكل معه و انّه ليذكر اللّه و لقد كان يحدّث القوم و ما يشغله ذلك عن ذكر اللّه و كنت أرى لسانه لازقا بحنكه يقول: لا إله إلّا اللّه، و كان يجمعنا فيأمرنا بالذكر حتّى تطلع الشمس و يأمر بالقراءة من كان يقرأ منّا و من كان لا يقرأ منّا أمره بالذكر .

 «و كان (عليه السلام) ظاهر الجود في الخاصة و العامة مشهود الكرم في الكافة معروفا بالتفضل و الاحسان مع كثرة عياله و توسط حاله» .

و روي عن سلمى مولاة أبي جعفر قالت: كان يدخل عليه إخوانه فلا يخرجون من عنده حتى يطعمهم الطعام الطيب و يلبسهم الثياب الحسنة و يهب لهم الدراهم‏ .

 و حكي أنّ الكميت كان عند أبي جعفر (عليه السلام) فسمعه يقول:

ذهب الذين يعاش في اكنافهم‏              لم يبق الّا شامت أو حاسد

فقال الكميت بالبداهة:

و بقى على ظهر البسيطة واحد           فهو المراد و أنت ذاك الواحد

و كان احسانه خمسمائة درهم الى ستمائة الف درهم، و لا يملّ من صلة اخوانه، و الاحسان الى الذين جاءوا إليه رجاء احسانه‏ ، و نقل انّه كان لا يسمع من داره يا سائل بورك فيك و لا يا سائل خذ هذا، و كان يقول (عليه السلام) : سموهم بأحسن أسمائهم‏ .

قال ابن حجر السنّي المتعصب في الصواعق: هو باقر العلم و جامعه و شاهر علمه و رافعه، صفا قلبه، و زكى علمه و عمله، و طهرت نفسه، و شرفت خلقه، و عمرت أوقاته بطاعة اللّه، و له من الرسوم في مقامات العارفين ما تكلّ عنه ألسنة الواصفين و له كلمات كثيرة في السلوك و المعارف لا تحتملها هذه العجالة.