وهي متعددة وبعضها سبب ويسبب كوارث وبائية على المحصول، ومن أهم هذه الأمراض:

1. فيروس اصفرار الشوندر:

ينتشر الفيروس في مختلف أنحاء العالم، ويسبب أعراضا تتراوح بين الشحوب الخفيف والاصفرار الشديد للأوراق، مع أعراض ثانوية منها تغلظ الأوراق، وظهور بقع صغيرة متماوتة عليها، وينتقل الفيروس بوساطة العديد من أنواع المن. يكافح المرض بالقضاء على الحشرات الناقلة، وإزالة نباتات الشوندر المصابة.

2. فيروس الاصفرار الغربي للشوندر:

يعد أكثر فيروسات الشوندر انتشارا. وتظهر الأعراض باصفرار حواف الورقة وكثيرا ما تصاب الأوراق المصفرة فيما بعد بتبقعات فطرية. ينتقل الفيروس أيضا بعدة أنواع من المن. وتتوافر الآن أصناف من الشوندر المقاومة للفيروس بدرجات معقولة.

3. فيروس موزاييك الشوندر:

شائع في مختلف أنحاء العالم، ويمكن أن تسبب الإصابة القضاء على 10% من المحصول. ينتقل الفيروس بوساطة أنواع عديدة من المن. للسيطرة على المرض تكافح الحشرات الناقلة ويتفادى تداخل العروات، وتزال الأعشاب.

4. مرض تجعد القمة:

مرض فيروسي ينتقل عن طريق نطاطات الأوراق. تتمثل أهم أعراض المرض بتقزم شديد للأوراق مع تجعدها والتفاف حوافها نحو الأعلى والداخل، وتخشن وتثأل العروق على السطح السفلي، يترافق ذلك مع تقزم الجذور وتشوهها والتفافها. يكافح المرض بإجراءات متكاملة أهمها انتقاء أصناف مقاومة ومكافحة الناقل الحشري وإزالة مصادر العدوى (النباتات المصابة).

5. الريزومانيا: فيروس تنكرز واصفرار عروق الشوندر السكري

يتسبب المرض عن الفيروس BNYVV (فيروس نكرزة واصفرار عروق الشوندر) المنقول بواسطة الفطر Polymyxa Betae. يهاجم الفطر الناقل للمرض جذور الشوندر السكري عندما تكون درجات الحرارة ما بين 20-30م ورطوبة التربة كافية لسباحة الأبواغ الهدبية التي تصيب الشعيرات الجذرية وتنقل العدوى بالفيروس المسبب للمرض إلى النبات. يسبب مرض الريزومانيا انخفاضا ملحوظا في درجة حلاوة الشوندر السكري وإنتاجيته في وحدة المساحة تختلف شدته باختلاف نسبة الإصابة وشدتها، والظروف البيئية السائدة خلال موسم النمو، وبالتالي يعد هذا المرض أحد الأسباب الرئيسية المسببة لتدني نسبة الحلاوة والإنتاجية في الشوندر السكري. تظهر الأعراض حقلية على شكل بقع شاحبة اللون صفراء قد تشمل الحقل بكامله مع ذبول عام للنباتات وخاصة عند الظهيرة، أما الجذور المصابة فتظهر عليها الجذور الشعرية بشكل كثيف (اللحية) ويصغر حجمها مع تشوه بحيث تصبح قمعية الشكل بالإضافة إلى تلون الأوعية الناقلة باللون البني.

ينتقل المرض بشكل أساسي ميكانيكيا عن طريق استخدام أدوات الزراعة الملوثة. وتعد مخلفات الحيوانات المغذاة على المخلفات النباتية الملوثة من الحقول المصابة مصدرا للعدوى، وذلك بسبب عدم تأثر أبواغ الفطر الناقل أثناء مرورها عبر القناة الهضمية للمجترات، وتسهم مياه الري في زيادة المساحة المصابة في الحقل الواحد، ونقل الفطر الناقل من حقل إلى آخر، وتنقل مخلفات معامل السكر ومياه الغسيل الناتجة عنها العدوى إذا تعاملت مع جذور شوندر مصابة. يتمتع الفطر الناقل Polymyxa Betae بالقدرة على إحداث العدوى لفترة زمنية طويلة في التربة تصل إلى عشرين عاما، ويمكن تلخيص الخطوات الضرورية للوقاية من المرض والحد من أضراره بالآتي:

1. زراعة أصناف متحملة، وعدم زراعة الأصناف العادية متعددة الأجنة في المناطق التي ظهرت فيها أعراض الإصابة.

2. الالتزام بتطبيق دورة زراعية رباعية أو خماسية للمحافظة على خصوبة التربة وتخفيف كثافة العدوى فيها.

3. الحرص على عدم استخدام الآلات الزراعية المستخدمة في الحقول المصابة في الأراضي السليمة.

4. عدم استخدام مياه الصرف الزراعي أو المياه التي مصدرها الحقول الموبوءة في الري.

5. إن استخدام طريقة الري بالرذاذ تحد من انتشار الإصابة وتأثيرها في المحصول.